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从文件中读取 grep 模式

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从文件中读取 grep 模式

我有几个大文本文件，在文件中我有一个来自另一个文件的UNIQS.txt字符串列表。grep我使用的代码是

grep -f UNIQS.txt EEP_VSL.uniqs.sam > UNIQ_templates.sam

它什么也不做 - 生成的文件是空的。但当我这样做时

grep -F -f UNIQS.txt EEP_VSL.uniqs.sam > UNIQ_templates.sam

它工作正常。这让我感到困惑，因为我认为grep不会将文件中的条目解释UNIQS.txt为不带引号和斜杠的正则表达式模式（文件中没有）。一般来说，如果您从文件中获取模式，那么它会自动认为它们是正则表达式模式吗？

编辑：在UNIQS.txt文件中，有以下形式的换行符分隔的字符串

HWI-ST365:215:D0GH0ACXX:2:1101:10034:186783

（称为模板名称）和文件EEP_VSL...选项卡分隔列，大约有 14 列，第一列是模板名称，所以基本上我想提取文件中每个模板对应的行。

答案1

该-f选项指定 grep 读取模式的文件。这就像在命令行上传递模式（-e如果有多个模式，则使用选项），只不过当您从 shell 调用时，您可能需要引用模式以保护其中的特殊字符不被 shell 扩展。

参数-Eor-F或-P，如果有的话，告诉 grep 模式是用哪种语法编写的。如果没有参数，grep 期望基本正则表达式;与-E, grep 期望扩展正则表达式; with -P（如果支持的话），grep 期望Perl正则表达式;对于-F，grep 需要文字字符串。模式是来自命令行还是来自文件并不重要。

请注意，字符串是子字符串：如果您a+b作为模式传递，则a+b+c匹配包含的行。如果您想搜索仅包含所提供字符串之一且不再包含更多字符串的行，请传递该-x选项。

答案2

我遇到了同样的错误，但没有用 @gilles 的好答案解决。仔细查看输入文件，我发现末尾有 2 个换行符。没有这些，成功，只需要： grep -i file_pattern_input file

（GNU grep 3.1，输入文件超过5000条记录，匹配​​/模式文件2536，我知道所有2536都必须在文件中。使用换行符可以获得文件的所有行，而只有2536个匹配行）

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