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删除 FASTA 文件中的换行符

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删除 FASTA 文件中的换行符

我有一个 fasta 文件，其中序列用换行符分隔。我想删除换行符。这是我的文件的示例：

>accession1
ATGGCCCATG
GGATCCTAGC
>accession2
GATATCCATG
AAACGGCTTA

我想把它转换成这样：

>accession1 ATGGCCCATGGGATCCTAGC
>accession2 GATATCCATGAAACGGCTTA

我想要第二个文件，其中包含两列。第一个是登录号，第二个是序列。

答案1

使用awk：

awk '/^>/&&NR>1{print "";}{printf "%s",/^>/ ? $0" " : $0}' file                                                                                          
>accession1 ATGGCCCATGGGATCCTAGC
>accession2 GATATCCATGAAACGGCTTA

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