如何从远程计算机复制、执行和检索数据？

Question

我正在尝试在远程计算机上运行一些计算。基本上我想将一些文件复制到计算机，加载软件，执行计算，然后检索数据。我已经为此创建了无密码连接。以下是我的尝试：

#!/bin/bash
scp ./* username@host:/home/tmp
work=$pwd
ssh username@host
cd /home/tmp
module purge
module load gcc/4.6.0 icc/11.1.075  ifort/11.1.075 compilers-extra mpi-openmpi/1.4.3-icc-11.1 vasp
mpirun -np 20 vasp > out.vasp 2>&1 &
scp ./* username@headnode:$work

该脚本只是复制文件并登录到远程计算机，但不启动任何计算。

Answer 1

我不太确定你的问题是什么，但我有两条评论太长了：

1. 一旦您登录host（第 4 行），您当前的脚本就会停止，并等待您以交互方式执行某些操作 - 只有当您退出时，脚本才会继续执行（这可能不是您想要的）。

   因此，将要在远程服务器上执行的任何内容放入独立的 shell 脚本中，将其与其余数据一起 scp 并使用ssh username@host /path/to/my/script.

   因此：

#!/bin/bash
# your local script
scp ./inputs* ./do_stuff.sh username@host:/home/tmp
ssh username@host /home/tmp/do_stuff.sh
scp username@host:/home/tmp/outputs* .

#!/bin/bash
# script for remote execution do_stuff.sh
cd /home/tmp
module purge
module load gcc/4.6.0 icc/11.1.075  ifort/11.1.075 compilers-extra mpi-openmpi/1.4.3-icc-11.1 vasp
mpirun -np 20 vasp > out.vasp 2>&1

inputs*将/替换outputs*为您需要复制到集群或从集群复制的内容 - 您可能不想复制回输入。请注意，引用 as 的脚本do_stuff.sh必须标记为可执行。如果即使这样也不起作用（因为您要复制到的文件系统是使用该noexec选项安装的，请使用ssh username@host bash /home/tmp/do_stuff.sh。或者您可以将其通过管道传输到远程计算机：

cat do_stuff.sh | ssh username@host bash -

2) 如果您正在运行此程序（看起来确实如此），您可以通过再次运行此程序headnode来摆脱 scp 连接的一个方向。scpheadnode

Answer 2

我建议您将脚本放在家里用于远程执行，然后将您的脚本称为，

ssh user@host 'bash -s' < local_script.sh

基本上，从具有无密码访问权限的脚本中，之后ssh username@host，该脚本不会被执行。这很容易测试。

测试

将这两行放入脚本中，然后尝试从本地计算机运行该脚本。

ssh username@host
hostname

通常，我们期望它会打印远程计算机名称，因为我们已经通过 ssh 连接到了它。但事实并非如此。它只是登录到远程计算机，当您exit退出远程计算机时，只有它会打印主机名（请务必验证它打印出的主机名，它将打印出本地计算机的主机名）。

现在，正如我所建议的，如果您在当地家里有脚本并将其命名为，

ssh user@host 'bash -s' < local_script.sh

本例中的输出是远程主机名称 (请务必从脚本中删除 ssh 行，因为它现在没用了）。

Answer 3

基本上，您希望脚本在远程计算机上继续，但这种情况不会发生，它们将在本地计算机上运行。为了实现您想要的目的，您需要通过 ssh 将一系列命令传递到远程计算机。

您可以阅读本指南来了解这个想法：http://www.shellhacks.com/en/Running-Commands-on-a-Remote-Linux-Server-over-SSH