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Grep 用于在文件中搜索模式

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Grep 用于在文件中搜索模式

我想用来grep在第二个文件中搜索一个文件中的模式。我的模式文件是这样的：

K02217
K07448
KO8980

要搜索的文件是：

>aai:AARI_24510  proP; proline/betaine transporter; K03762 MFS transporter, MHS family, proline/betaine transporter
>aai:AARI_26600  ferritin-like protein; K02217 ferritin [EC:1.16.3.1]
>aai:AARI_28260  hypothetical protein
>aai:AARI_29060  ABC drug resistance transporter, inner membrane subunit; K09686 antibiotic transport system permease protein
>aai:AARI_29070  ABC drug resistance transporter, ATP-binding subunit (EC:3.6.3.-); K09687 antibiotic transport system ATP-binding protein
>aai:AARI_29650  hypothetical protein
>aai:AARI_32480  iron-siderophore ABC transporter ATP-binding subunit (EC:3.6.3.-); K02013 iron complex transport system ATP-binding protein [EC:3.6.3.34]
>aai:AARI_33320  mrr; restriction system protein Mrr; K07448 restriction system protein

我尝试的命令是：

fgrep --file=pattern.txt file.txt >> output.txt

这将打印 file.txt 中找到模式的行。我需要它来打印一列包含找到的模式的列。所以像这样：

K07448 mrr; restriction system protein Mrr; K07448 restriction system
K02217 ferritin-like protein; K02217 ferritin [EC:1.16.3.1]

任何人都可以建议我该怎么做？

答案1

如果您不介意其中有一个额外的列，您可以使用join和grep来执行此操作。

$ join <(grep -of patterns.txt file.txt | nl) \
       <(grep -f patterns.txt file.txt | nl)
1 KO3322 proteinaseK (KO3322)
2 KO3435 Xxxxx KO3435;folding factor
3 KO3435 Yyyyy KO3435,xxxx

答案2

您可以使用 shell 循环：

$ while read pat; do 
    grep "$pat" file | 
        while read match do 
            echo -e "$pat\t$match"
        done
 done < patterns 
KO3435  Xxxxx KO3435;folding factor
KO3435  Yyyyy KO3435,xxxx
KO3322  proteinaseK (KO3322)

我通过在 UniProt 人类平面文件 (625M) 上运行它并使用 1000 个 UniProt ID 作为模式进行测试。在我的 Pentium i7 笔记本电脑上大约需要 6 分钟。当我只查找 100 个模式时，大约花了 35 秒。

正如下面的评论中所指出的，您可以通过跳过echo和 使用grep和--label选项来稍微加快速度-H：

$ while read pat; do 
    grep "$pat" --label="$pat" -H < file
done < patterns

在示例文件上运行此命令会产生：

$ while read pat; do 
    grep "$pat" --label="$pat" -H < kegg.annotations; 
  done < allKO.IDs.txt > test1
terdon@oregano foo $ cat test1 
K02217:>aai:AARI_26600  ferritin-like protein; K02217 ferritin [EC:1.16.3.1]
K07448:>aai:AARI_33320  mrr; restriction system protein Mrr; K07448 restriction system protein

答案3

您可以使用确认:

$ ack "$(tr '\n' '|' < pattern.txt | sed -e 's/.$//')" --print0 --output='$& $_' file.txt
KO3322 proteinaseK (KO3322)
KO3435 Xxxxx KO3435;folding factor
KO3435 Yyyyy KO3435,xxxx

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