我遇到了一个奇怪的问题，它在 3 个不同的服务器上反复困扰着我。
问题
请参阅来自 NewRelic 的图表，其中显示了在数据库中花费的大量时间。
硬件；
最初，我有一个功能强大但超额认购的 VPS，我认为问题就出在这里。然后我换了一个完全专用的服务器，它功能不是很强（但都是我的），双核 Athlon，4GB 内存，250G 磁盘，Ubuntu 13.10，100Mb/s 连接。
我现在已转用一台完全专用的机器，它有 Xeon E3-1270 V2 3.5GHz、4 核、8 逻辑核、16GB DDR3 内存、1TB 磁盘、Ubuntu 13.10、1Gb/s 连接。服务器的平均负载从未超过 0.08。
应用程序
这是一个简单、小型的 PHP SMF 论坛。
数据库
...总共 20MB，100 个表，大部分是 InnoDB。它主要是读取，所有简单查询，获取和设置数据，数据库中没有进行任何“工作”。
数据库是 Percona MySQL 5.6；这是它的配置；http://pastebin.com/yYCawtby
慢查询日志已启用；没有“慢查询”。
如果有人能就如何解决该问题提供建议，我将不胜感激。谢谢。
编辑：IOTop 输出；
编辑2：CPU/MEM；
EDIT3：结果；
