(可能安装并)使用特定版本的 Python

(可能安装并)使用特定版本的 Python

对于科学应用,我需要使用 Python 包numpyscipy和的特定版本brian2。我在笔记本电脑上安装了正确的版本,并按如下方式运行它们的测试套件:

>>> import numpy as np
>>> import scipy
>>> import brian2
>>> np.test()
>>> scipy.test()
>>> brian2.test()

全部测试通过。

现在我想在我实验室的计算集群上做同样的事情。我再次安装了所有正确的版本。但是,在这个新环境中,只有numpybrian2测试通过。对于scipy,单个测试失败:

====================================================================== 
FAIL: test_decomp_update.TestQRdelete_f.test_delete_last_p_col
----------------------------------------------------------------------     
Traceback (most recent call last):   File
"/usr/local/anaconda/lib/python2.7/site-packages/nose/case.py", line
197, in runTest
    self.test(*self.arg)   File "/home/despo/dbliss/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py",
line 328, in test_delete_last_p_col
    assert_unitary(q1)   File "/home/despo/dbliss/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py",
line 21, in assert_unitary
    assert_allclose(aTa, np.eye(a.shape[1]), rtol=rtol, atol=atol)   File
"/home/despo/dbliss/.local/lib/python2.7/site-packages/numpy/testing/utils.py",
line 1297, in assert_allclose
    verbose=verbose, header=header)   File "/home/despo/dbliss/.local/lib/python2.7/site-packages/numpy/testing/utils.py",
line 665, in assert_array_compare
    raise AssertionError(msg) AssertionError:  Not equal to tolerance rtol=0.0001, atol=2.38419e-07

(mismatch 100.0%)  x: array([[  9.999999e-01,   1.746230e-08, 
-1.490116e-08,   1.490116e-08,
         -6.146729e-08,  -6.332994e-08,   3.352761e-08,   7.450581e-08,
          3.352761e-08,   2.142042e-08,  -4.097819e-08,   4.656613e-08],...  y: array([[ 1.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],
       [ 0.,  1.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],
       [ 0.,  0.,  1.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],...

---------------------------------------------------------------------- 
Ran 18599 tests in 253.381s

FAILED (KNOWNFAIL=97, SKIP=1165, failures=1)

看起来,我的计算集群和笔记本电脑之间唯一相关的区别是它们运行的​​ Python 版本。我的笔记本电脑使用的是 2.7.6 版本,而集群使用的是 2.7.10 版本。

我的问题是,如何在集群本地(即我的帐户本地)安装 2.7.6 版本,然后在打开 IPython 时使用该版本?

答案1

直接回答您的问题:使用 virtualenv ,如下所述:https://stackoverflow.com/questions/5506110/is-it-possible-to-install-another-version-of-python-to-virtualenv

但是,您的结论可能是错误的,因为 numpy、scipy 和 brian2 依赖于系统的许多其他部分,而不仅仅是 python 的版本,而且这些部分可能也不同。

您应该使用 anaconda python 发行版附带的 numpy 和 scipy,因为它们可能已经过测试。brian2 未包含在内。您必须自己测试。

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