对于科学应用,我需要使用 Python 包numpy
、scipy
和的特定版本brian2
。我在笔记本电脑上安装了正确的版本,并按如下方式运行它们的测试套件:
>>> import numpy as np
>>> import scipy
>>> import brian2
>>> np.test()
>>> scipy.test()
>>> brian2.test()
全部测试通过。
现在我想在我实验室的计算集群上做同样的事情。我再次安装了所有正确的版本。但是,在这个新环境中,只有numpy
和brian2
测试通过。对于scipy
,单个测试失败:
======================================================================
FAIL: test_decomp_update.TestQRdelete_f.test_delete_last_p_col
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last): File
"/usr/local/anaconda/lib/python2.7/site-packages/nose/case.py", line
197, in runTest
self.test(*self.arg) File "/home/despo/dbliss/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py",
line 328, in test_delete_last_p_col
assert_unitary(q1) File "/home/despo/dbliss/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py",
line 21, in assert_unitary
assert_allclose(aTa, np.eye(a.shape[1]), rtol=rtol, atol=atol) File
"/home/despo/dbliss/.local/lib/python2.7/site-packages/numpy/testing/utils.py",
line 1297, in assert_allclose
verbose=verbose, header=header) File "/home/despo/dbliss/.local/lib/python2.7/site-packages/numpy/testing/utils.py",
line 665, in assert_array_compare
raise AssertionError(msg) AssertionError: Not equal to tolerance rtol=0.0001, atol=2.38419e-07
(mismatch 100.0%) x: array([[ 9.999999e-01, 1.746230e-08,
-1.490116e-08, 1.490116e-08,
-6.146729e-08, -6.332994e-08, 3.352761e-08, 7.450581e-08,
3.352761e-08, 2.142042e-08, -4.097819e-08, 4.656613e-08],... y: array([[ 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[ 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[ 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],...
----------------------------------------------------------------------
Ran 18599 tests in 253.381s
FAILED (KNOWNFAIL=97, SKIP=1165, failures=1)
看起来,我的计算集群和笔记本电脑之间唯一相关的区别是它们运行的 Python 版本。我的笔记本电脑使用的是 2.7.6 版本,而集群使用的是 2.7.10 版本。
我的问题是,如何在集群本地(即我的帐户本地)安装 2.7.6 版本,然后在打开 IPython 时使用该版本?
答案1
直接回答您的问题:使用 virtualenv ,如下所述:https://stackoverflow.com/questions/5506110/is-it-possible-to-install-another-version-of-python-to-virtualenv
但是,您的结论可能是错误的,因为 numpy、scipy 和 brian2 依赖于系统的许多其他部分,而不仅仅是 python 的版本,而且这些部分可能也不同。
您应该使用 anaconda python 发行版附带的 numpy 和 scipy,因为它们可能已经过测试。brian2 未包含在内。您必须自己测试。