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在SGE上提交作业数组脚本

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在SGE上提交作业数组脚本

我正在尝试制作一个作业数组脚本来为多个文件执行特定任务。我们假设只有 2 个 fastq 文件作为开始。名称：abc.fastq，def.fastq

#!/bin/bash

    file=$(ls -1 *.fastq | tail -n +${SGE_TASK_ID}| head -1)
    filename=${file%.fastq}
    awk 'NR % 2 == 0{print substr($1,7,100)};NR % 2 ==1' $file > ${filename}_BR.fastq

我提交的脚本如下：

qsub -t 1-2:1 -cwd -j y -N array_job ./jobarray.sh

但只处理了 1 个文件，即 abc.fastq。 def.fastq 文件发生了什么？我为 2 个作业提供了 -t 参数，并且在我的脚本中声明了 SGE_TASK_ID。

希望很快能收到你们的来信。

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