![在SGE上提交作业数组脚本](https://linux22.com/image/72192/%E5%9C%A8SGE%E4%B8%8A%E6%8F%90%E4%BA%A4%E4%BD%9C%E4%B8%9A%E6%95%B0%E7%BB%84%E8%84%9A%E6%9C%AC.png)
我正在尝试制作一个作业数组脚本来为多个文件执行特定任务。我们假设只有 2 个 fastq 文件作为开始。名称:abc.fastq,def.fastq
#!/bin/bash
file=$(ls -1 *.fastq | tail -n +${SGE_TASK_ID}| head -1)
filename=${file%.fastq}
awk 'NR % 2 == 0{print substr($1,7,100)};NR % 2 ==1' $file > ${filename}_BR.fastq
我提交的脚本如下:
qsub -t 1-2:1 -cwd -j y -N array_job ./jobarray.sh
但只处理了 1 个文件,即 abc.fastq。 def.fastq 文件发生了什么?我为 2 个作业提供了 -t 参数,并且在我的脚本中声明了 SGE_TASK_ID。
希望很快能收到你们的来信。