我有一台安装了 SGE 的运行 Ubuntu Server 18.04 的 Dell 5820。我设置了一个 20 个槽位的队列，其中同时运行着 20 个作业。% CPU 上升到 70% 左右，我有 128GB，所以没有问题。 我担心 CPU 过热。我查看了手表传感器并看到： coretemp-isa-0000 Adapter: ISA adapter Package id 0: +82.0°C (high = +81.0°C, crit = +91.0°C) Core 0: +80.0°C (high = +81.0°C, crit...
如果 Linux 中的交换区域大小设置得太小（比如 1Gb），而主 RAM 又太大，这有关系吗128Gb？ 我们是否应该始终将交换区域的数量设置为 RAM 数量的两倍？ 更新： 嗨，谢谢大家回答这个问题。事实上，我有这个问题是因为我们在使用小型集群系统时遇到了一些问题。问题发布在这里下面这张图是这个小集群里部分计算机的一些信息。 是MEMTOT该机器的RAM总量， 是SWAPTO该机器的SWAP区域总量， 是SWAPUSSWAP区域的使用量。如图所示，SWAP的使用量确实很少。 当尝试解决发布在这里，不知道是不是SWAP区域设置过小了，只是1G...
我想将单个作业提交给 Sun Grid Engine，并使它们看起来像是在本地执行。而不是创建 stdout 和 stderr 文件以将它们输出到调用终端 stdout 和 stderr。 根据这一页 -k oe将保持标准输出或标准错误流将保留在执行主机上。 但是当我尝试这个命令时： qsub -cwd -sync yes -k oe -N "test" -V "helloworld.sh" 我得到： qsub: ERROR! invalid option argument "-k" 工具版本： which qsub=>... sge...
我目前正在使用 SGE，对 Linux 环境非常陌生。我必须执行 Python 脚本，但设置对我来说有点混乱，我无法让它工作。 设置如下：默认安装的 python 是 2.4，我需要使用 2.7 和一些库。 然后我将我需要的所有内容链接到以下几行： export LD_LIBRARY_PATH=/home/volatile/xxx/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH export LD_RUN_PATH=/home/volatile/xxx/local/lib:$LD_RUN_PATH export PATH=/home/volati...
我在各种服务器和集群上使用 unix/linux（各种版本）下的程序 (*)，该程序支持多线程。我可以通过命令行选项指定我想要的线程数。 一般来说，我如何确定应该为多线程指定多少个线程（以获得最大速度）？ 线程数是否应该低于/等于相应 CPU 支持的硬件线程数？是否有任何经验法则或起点？ 如果是，那么我如何才能知道 CPU 支持多少个硬件线程？ 我还应该提到，我通常在运行此程序的计算机上有多个 CPU，每个 CPU 都有多个核心。不清楚一个核心是否等于一个线程。 (*) 我使用的程序是 bwa，一个用于比对 DNA 序列的程序。但我的问题本质上是一...
我有以下 Sun Grid Engine 提交脚本： #!/bin/sh # sun grid engine cluster # use current working directory #$ -cwd # merge error output into standard output stream #$ -j yes #$ -o generate_databases.log # request to cpu number #$ -pe make 4 currentdir=`/bin/pwd` echo "current working dir...
我想在我的笔记本电脑上安装 Grid Engine。 我在 VirtualBox 4.1.6 下使用 Ubuntu 11.10。 （安装 Grid Engine 的目的不是为了计算任何东西，我只是想要一个可以工作的 Grid Engine 环境，以便能够尝试使用 bash 脚本进行数组作业等。我运行的作业只会“睡眠”，因此集群只包含一个节点。我的笔记本电脑有双核 CPU，但我不知道这是否与此相关。） 我正在遵循http://astoryworthtelling.wordpress.com/2009/08/25/installing-sge-on-ubu...
我想在我的笔记本电脑上完全安装一个 Grid Engine 集群，这个“集群”只有两个节点，一个是头节点，一个是计算节点。这些节点应该在同一操作系统 (ubuntu 11.10) 的同一实例中运行，每个“节点”应该分配给一个核心（我有一台双核笔记本电脑）。我的问题是：这可行吗？如果可以，怎么做？ 关于我为什么要这样做的一些背景信息：我在工作中使用网格引擎，它在一个具有许多节点的真实集群上，每个节点都有多个 CPU，但在那里我只被允许运行某些关键任务计算。我想用数组作业尝试一些事情，这些作业绝对不需要大量计算，所以我只需要安装一个网格引擎来玩就可以了。所以我...
我在 CentOS 5 上。 [root@newjanux spooldb]# uname -a Linux newjanux 2.6.18-164.el5 #1 SMP Thu Sep 3 03:28:30 EDT 2009 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux 和 SGE 6.2u2 我已经备份了原始数据库以防万一……berkeley db 因损坏而无法启动。软件包中附带了修复此问题的工具，但它失败了（以同样的方式）： [root@newjanux spooldb]# /opt/sge/utilbin/lx24-amd6...
我在服务器上使用 Sun GridEngine（Rocks Cluster）来运行远程作业。 当我尝试使用 删除作业时qdel，它通常按预期工作，但时不时它会删除它找到的几乎所有内容。 例如，今天某个时候，我有 77 个正在运行的作业： [znorg@server MD]$ qstat 作业 ID 先前名称 用户状态 提交/开始于队列槽 ja-task-ID --------------------------------------------------------------------------------------------------...
负责管理我们集群的人最近突然去世了，所以现在我们必须自己操作，直到有新人来接手。我们想更改集群上某个节点的硬运行时限制。出于某种原因，队列中的所有节点都具有所需的硬运行时限制，但其中一个节点没有。 如何为给定的 x 设置 h_rt=x？ ...
我在我的集群上运行 gridengine，并且希望有一个主队列，其中每个作业在主主机上只能有一个插槽。但我找不到配置它的方法。我了解到资源限制不会影响作业。所以类似 limit host{master.node.001} slots=1 限制每个用户一个位置 :-( 但是如果我像这样提交 qsub -pe myenv-pe 20 -masterq xyz.q -q abc-slaves ...etc pp. 结果是，我在主机上获得了 3 个执行进程，但我希望主机上每个作业只占用 1 个插槽。有没有办法配置它？ ...
如何查看或请求可以处理 SGE 中的特定指令集的主机？ 使用 Slurm，我可以查看每台主机上可用的指令集 sinfo --Node -o '%n %f'，并仅向例如具有 AVX2 指令集的主机提交批处理作业#SBATCH constraint=avx2。 我如何在 SGE 中执行此操作？ 编辑：到目前为止，我已经想出了使用qhost | tail -n +4 | tr -s ' ' | cut -f 2 -d ' ' | sort -u来查看所有可用的芯片架构。然后我可以查找哪些支持特定指令集并使用 来请求这些架构qsub ... -l arch='&l...
我在 SGE 集群中有 5 个节点。我想让其中一个节点仅供特定队列“test.q”使用。 我可以从所有其他队列的主机列表中删除该节点，并将主机列表设置为 test.q 中的该主机。 但是，当我这样做时，未指定特定队列的作业有时仍会出现在 test.q 中。 我如何配置才能让 test.q 只在有人具体来说请求 test.q? ...
我正在尝试让 SGE 根据 qsub 的作业份额参数并发运行作业阵列任务，但似乎没有按预期工作。有没有办法根据份额启用并发任务执行？ 我有一个脚本，它可以休眠来模拟长时间运行的任务，我将它作为不同的作业数组提交给一个小型 SGE 集群（26 个插槽），如下所示： qsub -t 1-201 -js 100 sge_longRunning.sh qsub -t 1-202 -js 101 sge_longRunning.sh qsub -t 1-203 -js 102 sge_longRunning.sh 我希望这些任务能够随着时间的推移几乎均匀地分布...