我可以访问一组通过 1Gb LAN 连接的服务器，每个服务器都有 40 多个核心和 Ubuntu 操作系统。它们都有一个共同的 NAS。我在其中几个服务器上安装了 SLURM，并将其配置为每个服务器既是控制节点又是计算节点，并且服务器之间没有连接。所需的分析是生物信息学的，受 CPU 限制，但文件大小为 GB。我的问题如下：
- 这不是计算集群，对吗？将这些服务器连接到单个集群需要什么？
- 在此配置下使用 Slurm 等 HPC 管理器是否有效？数据将如何共享？他们确实有一个通用的 NAS，但与本地文件相比，直接在 NAS 上运行任何计算都非常慢。
我的理想解决方案是将文件拉到本地机器（理想情况下无论它们位于何处，但 NAS 可以作为公共集线器）执行计算并可能返回输出文件。这是一个不合理的要求还是一个已解决的问题？
提前致谢！
答案1
是的，这是一个计算集群。我对此有一个广义的定义，即多个计算节点承担相同的工作负载。大型构建场具有多个运行计算工作器的主机，符合条件。TOP500 列表中的庞大系统也符合条件。
更重要的是，利用 slurm 管理多个节点的能力。否则，一个控制器只管理自己会相当复杂，因为与更简单的系统相比，它的功能并不多。添加所有节点，并将它们分成多个分区。
请求多个节点的作业要求程序能够感知多个节点，就像 MPI 一样。对于常规的不感知程序，只需将请求保留到一个节点即可。
存储，您需要设计一些东西来将文件传输到节点。通常选项包括：
- 将文件复制到每个节点的本地存储。（slurm sbcast）
- 将分布式存储分布到多个节点的磁盘上。（Lustre、Ceph）
- 每个节点上都安装了高性能文件共享。（所有闪存阵列都服务于 NFS）