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在 PBS/TORQUE 中分配 CPU 和 MEM 使用变量

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在 PBS/TORQUE 中分配 CPU 和 MEM 使用变量

我在 meta.stackoverflow.com 上问了这个问题；他们说这是错误的论坛

我正在使用 FALCON 组装器（用于 PacBio 的基因组；https://github.com/PacificBiosciences/pb-assembly) 并且它是为在带有调度程序 (local、sge、lsf、pbs、torque、slurm) 的 GRID 引擎上使用而设计的。

该软件通过 CONDA 安装，我已运行测试数据（本地；在我的登录节点内），程序按预期运行。现在我尝试使用 PBS/TORQUE 调度程序从我的登录节点在 GRID 上运行它。

我的问题是这样的：如何正确指定最大处理器数量和最大内存变量？

脚本应该在运行开始时查询 GRID 并找出资源 [${NPROC} & ${MB}] - 但我不清楚变量 ${NPROC} 和 ${MB} 的术语是否适合（正确）PBS/TORQUE

对于 SGE，配置就是这样编写的，我已经开始针对 PBS/TORQUE 对其进行修改。

#JMout job_type=sge
#JMout pwatcher_type=blocking
job_type=pbs
JOB_QUEUE=batch
MB=32768
NPROC=6
njobs=32
submit = qsub -S /bin/bash -V  \
  -q ${JOB_QUEUE}     \
  -N ${JOB_NAME}      \
  -o "${JOB_STDOUT}"  \
  -e "${JOB_STDERR}"  \
  -pe smp ${NPROC}    \
  -l h_vmem=${MB}M    \
  "${JOB_SCRIPT}"

具体来说，这两行是我所担心的：

 -pe smp ${NPROC}    \
 -l h_vmem=${MB}M    \

短暂性脑缺血发作

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