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创建一个读取文件输入列表的函数

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创建一个读取文件输入列表的函数

我正在编写生物信息学管道。这些管道接收输入文件并将它们传递给多个包。

假设有一个文件列表，其中包含 file1、file2、file3...file n，对于每个文件，我想应用一个名为 function1 -file 1| 的函数。功能 2 | function 3 > file 1.output 但想使用 for 循环对整个文件列表执行此操作，并相应地将文件名分配给输出文件，我应该使用什么命令和语法？

答案1

根据您问题中的信息，这应该满足您的要求：

for i in file1 file2 file3 file4 fileN
do
     function1 "$i"| function2 | function3 > "$i".output
done

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