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bash 脚本根据对列进行排序来对文件进行排名

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bash 脚本根据对列进行排序来对文件进行排名

我正在尝试根据 的符号log2FoldChange乘以 的倒数对文件进行排名pvalue。

输入文件=

  Gene  baseMean    log2FoldChange  lfcSE   stat    pvalue  padj
ABCA13  5103.080785 2.543103478 0.438305758 5.802121998 6.55E-09    1.93E-07
ABCA3   18680.58642 -1.553638598    0.460873937 -3.371070638    0.000748767 0.003440638
ABCC1   25566.61312 1.835232419 0.297965004 6.15922137  7.31E-10    2.95E-08
ABCC2   200.351079  1.753257763 0.47254475  3.710247045 0.000207057 0.001190344
ABCC5   18904.8957  2.982575702 0.304484366 9.795497012 1.18E-22    7.21E-20
ABCC6   1071.195985 -1.858889875    0.388613973 -4.783384034    1.72E-06    2.16E-05
ABCC6P1 121.4678884 -2.319956403    0.367695124 -6.309456544    2.80E-10    1.26E-08
ABCC6P2 154.2820927 -2.402177208    0.393773373 -6.100405397    1.06E-09    4.06E-08
ABCC8   71.94941328 -1.651659127    0.494666609 -3.338933936    0.000841006 0.003782183

#!/bin/bash
DGE=$1
RNK=`echo $DGE | sed 's/.txt/.rnk/'`
sed 1d $DGE \
| sort -k6g \
| awk '!arr[$1]++' \
| awk '{OFS="\t"}
{ if ($3>0) printf "%s\t%4.3e\n", $1, 1/$7 ;
else printf "%s\t%4.3e\n", $1, -1/$7 }' \
| sort -k2gr > $RNK

但我得到一个空文件作为输出

答案1

和awk：

awk 'NR!=1{$0=$0" "$3*(1/$6)}1' file | sort -k8,8g
  • NR!=1忽略标题行。
  • $0=$0" "$3*(1/$6)：添加具有所需结果的第 8 个字段。
  • {...}11 是正条件，awk打印该行。
  • sort -k8,8g对第 8 个字段进行排序。
  • 如果需要的话，另外添加另一个管道以... | awk '{$8=""}1'再次删除该字段。

编辑：在您问题中的代码中，我看到您想要一个积极的结果（如果中的值为$3负数，则应该是-1/$7）。支持这一点，这里是我更改的命令：

awk 'NR!=1{$0=$0" "sqrt(($3*(1/$6))^2)}1' file | sort -k8,8g

我把它做得有点不同；我先求平方，然后求平方根。

答案2

Perl 来救援：

perl -walne 'print,next if 1 == $.;
             print $F[2] * $F[5], " $_" ' < file | sort -g

如果您能描述一下“标志”的含义，我可以将其合并到脚本中。

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