在 Unix (OSX) 中管理包、目录和 PATH

Question

我是生物信息学博士，主要是自学成才，我现在想要清理我的各种目录结构（即我的数据），但我也在考虑如何存储我正在使用的各种生物信息学包。由于没有接受过正式培训并且只参加过一门 Unix 课程，所以仍然有很多我不知道的内容，我认为这些内容是在“Unix 101”或类似课程中教授的。我做了一些谷歌搜索，但我并没有真正找到我的问题的答案，所以我想我应该在这里问他们。我正在 Mac 上工作，所以 OSX (Yosemite)，如果这很重要的话。

当谈到下载和安装我正在使用的各种软件包时，我当前的解决方案是将完整下载的目录复制到/Users/sajber/software仅包含所有文件make（如果适用；有时下载目录中有现成的二进制文件）和然后将二进制文件复制到/Users/sajber/bin.然后我将我的设置PATH为包含/Users/sajber/bin.我没有使用任何形式的包管理软件，所以我手动完成所有操作。

这是多么“错误”，我该如何改进呢？人们通常做什么，有某种标准吗？

我想过像以前一样将所有包保留在 中/Users/sajber/software，而是将单个包添加到 中PATH，如 中那样PATH=$PATH:/Users/sajber/software/<package>。当我开始时，我最初是这样做的，但后来我的PATH路径变得如此混乱，很难在不犯错误的情况下进行更改，所以我采用了当前的解决方案。现在我想到，.bash_profile如果这是一个“更好”的解决方案，我可能只是进行更改，为每个包提供单独的一行（如上所述）以便于访问。

我还有一个/Users/sajber/scripts用于存放各种 Python、R 和 bash 脚本的文件夹，该文件夹也添加到PATH.我Git在这个目录中有一个用于版本控制的存储库。这是你应该做事的方式吗？

抱歉，如果这些问题都是非常基本的！我只是不知道在 Unix 环境中做事的标准方法是什么，大部分都是自学的。

Answer 1

同意这样做没有什么错，有优点也有缺点。我发现区分我本地开发的脚本和从其他地方获得的程序很有用：

• 我本地开发的脚本有我需要参考的更改历史记录，而
• 我从其他地方获得的程序是由其他人维护的（有他们自己的更改历史记录）。

由于“我的”脚本在运行它们的地方进行更新是最方便的，因此拥有多个 bin 目录是有帮助的（至少对我来说）。

在我开始为我的程序创建包之前，我使用了/usr/local后者，做

./configure && make && sudo make install

和大多数程式使用 autoconf 相关脚本默认采用此方案。

其他人当然会有自己的偏好：做最适合你的事情。

Answer 2

这样做并没有什么错。

Answer 3

这最初是一条评论，但变得太长太详细了……

对于个人使用的程序和脚本（即仅由您的用户 ID 使用），这样做没有任何问题。事实上，您正在做的事情是很好的做法，尽管您可能希望将二进制文件符号链接到 /Users/saberj/bin 而不是复制它们 - 这样会更容易跟踪每个二进制文件的来源（并且更容易）删除或升级它们）。

供系统上所有用户使用的程序应作为软件包安装（如果软件包可用）或使用 GNU 等工具安装到 /usr/local存放，它为未打包的软件提供了打包（包括轻松卸载）的一些好处。