☰

从文件名中删除某些单词

tag-icon • tag-icon bash
从文件名中删除某些单词

我有一组文件，当在我的软件中处理时，它们会以不同的名称出现（表示它成功完成了该过程）。

例如，输入文件可能读取 SAM111_tsta.fastq，然后输出为 SAM111_tstaAligned.SortbyCoord.bam。

我想知道，是否有一种方法（通过命令行）递归地筛选目录并找到所有具有“Aligned.SortbyCoord.bam”并且仅删除“Aligned.SortbyCoord”的文件，以便我最终得到“SAM111_tsta” .bam？

答案1

如果您发现类似这。您应该能够执行以下操作：

find dir -name '*_tstaAligned.SortbyCoord.bam' -exec bash -c 'mv "$0" "${0/_tstaAligned.SortbyCoord.bam/_tsta.bam}"' "{}" \;

尽管使用了 bash ${var//find_all/substitute_with_this}，但您只会匹配以 结尾的文件，_tstaAligned.SortbyCoord.bam因为这是给find.但是_tstaAligned.SortbyCoord.bam，如果任何文件有多个，您将替换名称中出现的所有。 （我猜不太可能。）

为了进行测试，请执行以下操作：

find dir -name '*tstaAligned.SortbyCoord.bam' -exec bash -c 'printf "mv \"%s\" \"%s\"\n" "$0" "${0/_tstaAligned.SortbyCoord.bam/_tsta.bam}"' "{}" \;

答案2

有重命名命令，

find -name '*Aligned.SortbyCoord.bam' -exec rename Aligned.SortbyCoord '' + \;

事实证明是在实用程序Linux所以你必须安装它，该软件包中有一些不错的东西。

或者你可以用以下命令修复一个简单的列表

find -name '*Aligned.SortbyCoord.bam' \
| sed -E 's/(.*)Aligned.*/mv "&" "\1.bam"/e'

如果你的 sed 足够新，或者

find -name '*Aligned.SortbyCoord.bam' \
| sed -E 's/(.*)Aligned.*/mv "&" "\1.bam"/' \
| sh -x

如果不是，或者你可以创建一个快速 shell 函数来完成它，

doit () { while read; do mv "$REPLY" "${REPLY%Aligned*}.bam"; done; }
find -name '*Aligned.SortbyCoord.bam' | doit

或作为单线

find -name '*Aligned.SortbyCoord.bam' | while read f; do mv "$f" "${f%A*}.bam"; done

答案3

在您怀疑存在不需要的文件的目录中运行以下命令：

寻找 。 -我的名字 ”对齐.SortbyCoord.bam" | xargs rm -f

我建议首先运行 find 命令来验证作为输出的所需文件，然后使用 xargs rm -f 删除它们。

相关内容