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改变单词的位置

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改变单词的位置

我有一个包含多行的文件，如下所示，每个物种的标题都以“>”开头

>gi|398852808|ref|NZ_AKJD01000108.1| Pseudomonas sp. GM80 PMI37_contig126.126, whole genome shotgun sequence
CCGCAGGCTGCGATCTTTTGATGTTGTTTTTTTAAGATCAAGATCAAAAGATCGCAGCCTTCGGCAGCTCCTACAGGTGG
TCGTGGGTTTAAGCCGCTCAATCCAGTAAACTGCGGCACGTTTTTCTCTAAGTAGTGTTTTCCCCATGCAAATTGCTCTG
GCGCCCATGGAGGGGTTGGTCGACGACATCCTCCGCGACGTGCTGACCCGCGTTGGCGGCATCGATTGGTGCGTGACTGA
ATTCATTCGGGTCAACGATCAGTTGCTCACCCCGGCTTACTTCCACAAGTTCGGCCCCGAGCTGCTCAACGGTGCCCGCA
CGGCGTCCGGCGTGCCATTGCGTGTGCAATTGCTCGGTTCCGACCCGGTGTGCCTGGCGGAAAACGCTGCACTGGCCTGC

我想找到标题并将其更改为

>NZ_AKJD01000108.1|kraken:taxid|398852808 Pseudomonas sp. A3(2016), complete genome
CGCGATGGTCGTTAACGAAAACGCATGCTTACTGGCTAAACGCGGCGCTCTTGACTCCAT
CGCGAGCAAGCTCGCTCCTACAGAAGAAAGCGGCGCTCTAGTGCGCCTCATCCCAGTTAT
TGCCTACCCCCACCTCGACCAGCAGCGGCACATCCAGTTGCGCGGCCCCGCTCATGTGCA

不改变文件的结构。

我试过这个

awk -v repl=">kraken:taxid|$ID|" '{ gsub(/^>/,repl,$0); print $0}' $FILE

我可以移动文字，但无法删除或获得所需的结果。还有更快的方法吗文件大小为 230 GB

答案1

一种方法是使用|字符作为字段分隔符，例如

awk -v repl="kraken:taxid" 'BEGIN{FS="|";OFS=FS} /^>/ {$1=">"$4;$3=$2$5;$2=repl;NF-=2}1'

使用您的数据进行测试file：

$ awk -v repl="kraken:taxid" 'BEGIN{FS="|";OFS=FS} /^>/ {$1=">"$4;$3=$2$5;$2=repl;NF-=2}1' file
>NZ_AKJD01000108.1|kraken:taxid|398852808 Pseudomonas sp. GM80 PMI37_contig126.126, whole genome shotgun sequence
CCGCAGGCTGCGATCTTTTGATGTTGTTTTTTTAAGATCAAGATCAAAAGATCGCAGCCTTCGGCAGCTCCTACAGGTGG
TCGTGGGTTTAAGCCGCTCAATCCAGTAAACTGCGGCACGTTTTTCTCTAAGTAGTGTTTTCCCCATGCAAATTGCTCTG
GCGCCCATGGAGGGGTTGGTCGACGACATCCTCCGCGACGTGCTGACCCGCGTTGGCGGCATCGATTGGTGCGTGACTGA
ATTCATTCGGGTCAACGATCAGTTGCTCACCCCGGCTTACTTCCACAAGTTCGGCCCCGAGCTGCTCAACGGTGCCCGCA
CGGCGTCCGGCGTGCCATTGCGTGTGCAATTGCTCGGTTCCGACCCGGTGTGCCTGGCGGAAAACGCTGCACTGGCCTGC

您可能会发现 perl 速度更快，尤其是对于大文件；一个（可能是过度字面的）翻译是

perl -F'\|' -ane 'print /^>/ ? join "|", ">".$F[3], "kraken:taxid", $F[1].$F[4] : $_' file

但可能有一种更惯用的方法。

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