使用 LIGPLOT 或任何其他合适的软件来可视化蛋白质-配体相互作用?

使用 LIGPLOT 或任何其他合适的软件来可视化蛋白质-配体相互作用?

我已经使用DOCK软件将10个配体对接至蛋白质结构中。

我想生成一个 pdb 文件,其中包含配体与蛋白质的所有 10 种结合模式。因此所有内容都集中在一个 pdb 文件中。

现在,我想知道的是,当我将此文件提供给 LIGPLOT 时,是否有可能生成类似以下内容:

%polar interactions XX  
%non-polar interactions XX  
%hydrogen interactions XX

有没有办法用 LIGPLOT 来做到这一点,现在是否有其他软件可以推荐用于这种类型的评估?

我一直在努力寻找一种方法或软件来执行类似的计算并给我想要的类似类型的输出。

最好的

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