过滤大于百分比值的行

Question

您好，我需要过滤大于等于 85% 的线。

我需要根据前进：得分线和该线百分比的结束进行过滤。

示例文件：

Scores for this hit:
>ocu-miR-191-5p NC_013669.1 181.00  -24.77  2 22    123304956 123304978 20  85.00%  85.00%


   Forward: Score: 181.000000  Q:2 to 22  R:190316850 to 190316872 Align Len (20) (85.00%) (85.00%)

   Query:    3' gtCGACGAAAACCCTAAGGCAAc 5'
                  |||||| | ||| ||||||| 
   Ref:      5' gtGCTGCTATAGGGTTTCCGTTc 3'

   Energy:  -24.910000 kCal/Mol

Scores for this hit:
>ocu-miR-191-5p NC_013669.1 175.00  -23.66  2 21    163478767 163478790 20  85.00%  85.00%


   Forward: Score: 173.000000  Q:2 to 22  R:1340814 to 1340836 Align Len (20) (80.00%) (80.00%)

   Query:    3' gtCGACGAAAACCCTAAGGCAAc 5'
                  ||||| |  ||| ||||||| 
   Ref:      5' caGCTGCCTGCGGGCTTCCGTTa 3'

   Energy:  -27.510000 kCal/Mol

这结果应该是这样的：

>ocu-miR-191-5p NC_013669.1 181.00  -24.77  2 22    123304956 123304978 20  85.00%  85.00%


   Forward: Score: 181.000000  Q:2 to 22  R:190316850 to 190316872 Align Len (20) (85.00%) (85.00%)

   Query:    3' gtCGACGAAAACCCTAAGGCAAc 5'
                  |||||| | ||| ||||||| 
   Ref:      5' gtGCTGCTATAGGGTTTCCGTTc 3'

   Energy:  -24.910000 kCal/Mol

我尝试了这些命令，

awk '{if($14>=85)print$_}' < output.txt 
awk '$14 >= 85' output.txt
awk - F%) '$14 >= 85' output.txt

我在这个网站上搜索到与我类似的问题，但这些问题并没有解决我的问题，我尝试的命令行也采用了另一行，因为该行也包含 85% 的分数。。你能帮帮我吗？我刚开始使用 ubuntu，我不太了解...

Answer 1

尝试这个：

awk '{RS=">"; FS=" "; original_block=$0; gsub(/\(|\)|%/,""); if ($25 >= 85) print original_block}' example.txt > output.txt

解释：

• RS=">"将把输入视为以 开头的块>。
• FS=" "将设置字段分隔符为空格和制表符以获得正确的字段数。
• original_block=$0()将保存带有括号和百分号的原始块%以供稍后打印。
• gsub(/\(|\)|%/," ")将删除()和，%以便号码可以匹配。

• if ($25 >= 85)检查该块中第 25 个字段的数字值是否大于或等于85。

• print original_block以原始格式打印整个匹配的块。