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无法使用 fmriprep-docker

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无法使用 fmriprep-docker

这是我对数据使用的命令：

sudo fmriprep-docker -i poldracklab/fmriprep:20.2.0 -u 131231231167:12123123231405 /data/asdf/fmri_data/sourcedata /data/asdf/fmri_data/derivatives participant --fs-no-reconall -w /data/asdf/fmri_data/scratch --output-spaces MNI152NLin2009cAsym:res-2 --participant_label asdf1 asdf2 asdf3

这是我得到的错误：

sudo: fmriprep-docker: command not found

然而，fmriprep-docker已安装在服务器上。我是否在 fmriprep 的 sudoers 列表中？

答案1

做这个：

pip3 install --user --upgrade fmriprep-docker
echo 'export PATH=$PATH:~/.local/bin' >> ~/.bash_profile
source ~/.bash_profile

第一个命令将 fmriprep docker 安装到~/.local/bin

其余部分确保 shell 在那里查找要运行的程序

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