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AWK 中的多个块如何工作？

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AWK 中的多个块如何工作？

我碰到这一行 脚本用于删除固定宽度文本文件中的换行符。这个想法是更改一个充满条目的文件，例如：

>IGHV1-18*01
CAGGTTCAGCTGGTGCAGTCTGGAGCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGGCCTCAGTGAAG
GTCTCCTGCAAGGCTTCTGGTTACACCTTTACCAGCTATGGTATCAGC
TGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGATGGATCAGCGCTTAC
AATGGTAACACAAACTATGCACAGAAGCTCCAGGGCAGAGTCACCATGACCACA
GACACATCCACGAGCACAGCCTACATGGAGCTGAGGAGCCTGAGATCTGACGACACGGCC
GTGTATTACTGTGCGAGAGA

到

>IGHV1-18*01
CAGGTTCAGCTGGTGCAGTCTGGAGCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGGCCTCAGTGAAGGTCTCCTGCAAGGCTTCTGGTTACACCTTTACCAGCTATGGTATCAGCTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGATGGATCAGCGCTTACAATGGTAACACAAACTATGCACAGAAGCTCCAGGGCAGAGTCACCATGACCACAGACACATCCACGAGCACAGCCTACATGGAGCTGAGGAGCCTGAGATCTGACGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGA

我对 AWK 的经验不是很丰富，所以我认为尝试和解读它会是一次很好的学习经历。然而，我遇到了困难。具体来说，关于多个块相继出现，第一个块是隐式 for 循环吗？

awk '/^>/ {printf("\n%s\n",$0);next; } { printf("%s",$0);}  END {printf("\n");}' < file.fa

答案1

有点，是的。只是它不是隐含的。其格式实际上是：

/foo/{something}

哪个是相同的

if(/foo/){something}

换句话说，如果当前行匹配foo（在您的示例中，如果它匹配>），则打印换行符、当前行和另一个换行符。

确保next如果执行第一个块，脚本将跳过其余块并移至下一行。 oneliner 也可以这样写：

awk '{
        if(/^>/){
            printf("\n%s\n",$0);
        }
        else{ 
            printf("%s",$0);
        }
        END {
                printf("\n");
        }' < file.fa

最后，由于简单的print调用awk添加了换行符，因此您可以使用上面的稍微简单的版本：

awk '/^>/{print "\n"$0;next;}{printf("%s",$0);} END{print}' file.fa

答案2

awk 将逐行读取（您可能认为是一个块，但它是一行，以换行符或 CR 结尾）

让我们破解该代码

awk '/^>/ {printf("\n%s\n",$0);next; } { printf("%s",$0);}  END {printf("\n");}'

正如您在 中所看到的man awk，awk 程序的形式为/pattern/ { actions}，因此程序变为：

  • /^>/ {printf("\n%s\n",$0);next; }

    • >对于以( /^>/)开头的行
    • \n打印( printf("\n%s\n",$0))包围的行
    • 获取下一行 ( next)，不转到下一个 awk 命令。

  • { printf("%s",$0);}

    • 对于所有模式（模式子句为空）
    • 打印不带换行符的行 ( printf("%s",$0);)

  • END {printf("\n");}

    • 在文件（或多个文件）结束之后（END）
    • 打印换行符 ( printf "\n" ;)

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