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从左到右查找命令并附加ID

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从左到右查找命令并附加ID

我正在尝试将 MRI 文件与其体积文件进行匹配。

背景：

文件链接：https://wiki.cancerimagingarchive.net/pages/viewpage.action?pageId=68550661#68550661171ba531fc374829b21d3647e95f532c

MRI 文件的文件路径为：

./manifest-1599764098812/Prostate-MRI-US-Biopsy/Prostate-MRI-US-Biopsy-0001/06-28-2009-NA-MRI PROSTATE W WO CONTRAST-51743/11.000000-t2spcrstaxial oblProstate-90221/1-01.dcm

卷文件具有带有长唯一 ID 的文件路径：

./STLs/Prostate-MRI-US-Biopsy-0001-ProstateSurface-seriesUID-1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.266717969984343981963002258381778490221.STL

我有一个列表 (mriIdList.txt)，其中包含所有 ID 文件，因此患者 1 的第一次 MRI 位于第一行，依此类推。一个患者可以进行多次 MRI 检查，每次 MRI 检查都有自己的 ID。此外，我想标记 .dcm 文件的父目录，因为我将处理文件夹。MRI 文件名中的数字毫无意义。请注意文件名中的空格。

尝试的解决方案：

#!/bin/bash
find . -name "*{t2}*"
xargs -a ./mriIdList.txt -I {} -d'\n'
sed  's/.$1/.$1$2/'

这是我的第一个脚本，所以我肯定它在其他地方搞砸了，但我的问题是“find”以计算机内存优化的方式遍历目录。我需要从左到右查找 MRI 文件。（即从 Prostate-MRI-US-Biopsy-0001 到 Prostate-MRI-US-Biopsy-0002）。我的一般想法是找到标有“t2”的目录，遍历 ID 列表，并将 ID 附加到该目录。之后，我将使用该 ID 将 MRI 与其卷匹配。

例子：

我在这里创建了一个示例目录：https://drive.google.com/drive/folders/17Gcl-IOjFzHKnIKEHVllLFDhcdR35E5c?usp=sharing

第一个患者 (Prostate-MRI-US-Biopsy-0001) 有 1 张 MRI。文件路径应更改为类似

/前列腺-MRI-US-Biopsy/前列腺-MRI-US-Biopsy-0001/06-28-2009-NA-MRI 前列腺 W WO 对比-51743/11.000000-t2spcrstaxial oblProstate-90221_1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.266717969984343981963002258381778490221

第二位病人没有进行 MRI 检查，因此应该跳过他。

第三名患者进行了 3 次 MRI 检查。第一次 MRI 检查应为

前列腺-MRI-US-活检/前列腺-MRI-US-活检-0003/05-01-2006-NA-MRI 前列腺 W WO 对比-62671/3.000000-t2spcrstaxialp2-33258_1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.186749128823666050588710146976747922803

第二：

前列腺-MRI-US-活检/前列腺-MRI-US-活检-0003/09-21-2008-NA-MRI 前列腺 W WO 对比-86577/9.000000-t2spcrstaxial oblProstate-31608_1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.134581986918909360753889591939462644248

第三：

前列腺-MRI-US-活检/前列腺-MRI-US-活检-0003/10-17-2009-NA-MRI 前列腺 W WO 对比-68997/9.000000-t2spcrstaxial oblProstate-97825_1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.196285102861067055900322921931257124293

之后，我可以将 MRI 和 STL 文件传入 Python 脚本以提取图像特征，因为它们具有相同的 ID。每次将有 1 个匹配的 MRI 文件和 1 个 STL 文件。我也会采纳有关该操作的所有建议。

任何帮助或建议都将不胜感激。

答案1

我没有费心重命名，因为我与 ID 有 1:1 匹配，现在可以获取卷文件，但这有效！

来自 MRI 文件父目录：

tree -dfi > dir.txt;
grep "t2" dir.txt > mriFiles.txt

Tree 保持了目录的顺序。Grep 找到感兴趣的目录。

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