加密后可以使用旧的主文件夹吗？

Question

公司希望我格式化我的电脑并进行磁盘加密，但我的电脑上有大量自定义设置，所以我不想丢失它们。我想我可以将我的主文件夹复制到外部磁盘并进行加密，然后再复制回文件。加密后可以这样做吗？我的意思是用旧文件夹覆盖新安装的主文件夹会导致任何问题吗？或者有更好的方法来处理这个问题？

[更新] 我将安装 Ubuntu 22.04 jammy (LTS) 并在格式化时进行全盘加密。

谢谢。