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由于未使用 bash 而出现错误？

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由于未使用 bash 而出现错误？

我正在尝试安装一款目前尚不支持的软件。该软件来自这里 http://proteomics.ethz.ch/cgi-bin/xquest2_cgi/installation.cgi

他们提到要遵循以下几点：

[...] 本节介绍在基于 Unix 的系统上的安装。对于在单台机器上安装，我们建议使用 Ubuntu 作为操作系统。

a. 安装必要的 Perl 包

所需的 Perl 包列在此处：Perl 包 在您的系统上安装这些 perl 包（例如使用 cpan）。此外，您还需要安装 subversion 和 dos2unix（在 Linux 系统上）。如果您使用 Ubuntu，您可以下载并执行 install_packages.sh shell 脚本。此脚本将安装所有必需的包和程序。[...]

您可以在此处下载安装包然后更改允许你运行它的权限。我下载了它并把它放在我的桌面上。然后我右键单击它，选择“属性”，然后更改权限。之后，我打开终端并将其设置为桌面。

cd desktop 
#then
./install_packages.sh

这些是内部包装

## apache
sudo apt-get install apache2
sudo apt-get install libapache-session-perl
## other
sudo apt-get install bioperl
sudo apt-get install libberkeleydb-perl
sudo apt-get install libcgi-fast-perl
sudo apt-get install libcgi-session-perl
sudo apt-get install libdata-dumper-concise-perl
sudo apt-get install libdata-dumper-simple-perl
sudo apt-get install libhtml-template-perl
sudo apt-get install libfile-copy-recursive-perl
sudo apt-get install libgd-graph-perl
sudo apt-get install libio-compress-bzip2-perl
sudo apt-get install libio-compress-perl
sudo apt-get install libtemplate-perl
sudo apt-get install libxml-treebuilder-perl
sudo apt-get install libxml-writer-perl
sudo apt-get install libmldbm-perl
sudo apt-get install libstatistics-descriptive-perl
sudo apt-get install libcgi-formbuilder-perl
sudo apt-get install libmail-sender-perl
sudo apt-get install build-essential
"~/Desktop/install_packages.sh" 42L, 1279C

[...] 必要的软件包和程序。

b. 安装 xQuest/xProphet

  • 创建一个将安装 xQuest/xProphet 的目录。例如 /home/xquest/xquest
  • 从下载部分下载 zip 或 tar 文件夹，并复制到安装目录中。
  • 解压该文件夹。结构将为 /VERSION/xquest/...
  • 切换到 /installation 文件夹。编辑“install_xquest.sh”脚本的第一行并执行它。请注意：此脚本执行 /cgi/changeheader.pl，它会更改 cgi 文件的标题，如果您的 perl 安装路径不是 /usr/bin/perl，则必须编辑该脚本。
  • 将 /xquest/bin 目录添加到您的 PATH 变量，以便可以找到该程序。[...]

这是我所做的：

sudo mkdir /home/xqxp/
cd /home/xqxp
sudo mkdir xquest

sudo cp /home/user/Desktop/V2_1_1.zip /home/xqxp/xquest/ -r

sudo apt-get install unzip

cd /home/xqxp/xquest/
sudo unzip V2_1_1.zip


# give the permistion to the folder 
sudo chmod -R o+rw /home/xqxp/xquest/V2_1_1/xquest/installation
# you can change the permission by
gksu nautilus

#and then I did
./install_xquant.sh

# add the directory to the profile 
gedit ~/.profile

#then add this 
PATH="$HOME/bin:$HOME/.local/bin:$PATH:/home/xqxp/xquest/V2_1_1/xquest/bin"

现在我按照结构来运行它http://proteomics.ethz.ch/cgi-bin/xquest2_cgi/howtorun.cgi在我的桌面上创建了一个文件夹。

cd Desktop/
mkdir testm
cd testm/

我将两个文件 xmm.def 和 xquest.def 复制并粘贴到 testm 文件夹，然后运行或不复制它们，因为 -getdef 应该这样做

runXquest.pl –getdef

我收到此错误：

 Error: Cannot find/read the file ./MASTER_RUN/MASTER_RUN.txt

如果我这么做：

runXquest.pl -getdef

我收到这个错误

Current Server: xquestvm
cannot open file /home/xqxp/logs/usage.log No such file or directory at /home/xqxp/xquest/V2_1_1/xquest/bin/../modules/Common.pm line 83.

我还应该做什么来安装 xQuest/xProphet？

答案1

从你的问题来看：

 # add the directory to the profile  gedit ~/.profile

 #then add this  PATH="$HOME/bin:$HOME/.local/bin:$PATH:/home/xquest/xquest/V2_1_1/xquest/bin

尽管创建路径时：

sudo mkdir /home/xqxp/
cd /home/xqxp
sudo mkdir xquest

再次编辑~/.profile，修改路径：

PATH="$HOME/bin:$HOME/.local/bin:$PATH:/home/xqxp/xquest/xquest/V2_1_1/xquest/bin

退出会话并重新登录。然后重试该过程。

答案2

在您帖子的开头，您是否遗漏了这一步，或者忽略了它？

cd desktop

然后

./install_packages.sh

应该：

cd desktop

然后

chmod +x install_packages.sh

./install_packages.sh

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