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在 for 循环中对文件夹中的许多文件运行 bash 命令时出现错误替换

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在 for 循环中对文件夹中的许多文件运行 bash 命令时出现错误替换

我在文件夹（INPUT_DIRECTORY）中有一些文件（image-1.nii、image2.nii 等），它们是命令的输入，结果文件应保存在另外两个目录中（BIAS_DIRECTORY、SEGMENTATION_N4_IMAGES）。

这些是我尝试编写的命令：

 #!/bin/bash

INPUT_DIRECTORY=${PWD}/Images
OUTPUT_DIRECTORY=${PWD}/Output
BIAS_DIRECTORY=${PWD}/BIAS
SEGMENTATION_N4_IMAGES=${PWD}/N4

mkdir -p $OUTPUT_DIRECTORY
mkdir -p $BIAS_DIRECTORY
mkdir -p $SEGMENTATION_N4_IMAGES

N4=${ANTSPATH}/N4BiasFieldCorrection
N4_CONVERGENCE="[100x100x100x100,0.0000000001]"
N4_SHRINK_FACTOR=2
N4_BSPLINE_PARAMS="[200]"
DIMENSION=3

NIIEXT=".nii"
NIIFILES="($INPUT_DIRECTORY/*$NIIEXT)"

for FILE in "${NIIFILES[@]}"; do
    FILENAME="$(basename $FILE $NIIEXT)"
    ${N4} -d ${DIMENSION} -i ${FILENAME}.nii -s ${N4_SHRINK_FACTOR} -c ${N4_CONVERGENCE} -b ${N4_BSPLINE_PARAMS} -o ["(${SEGMENTATION_N4_IMAGES}/${FILENAME})".nii,"(${BIAS_DIRECTORY}/${FILENAME})".nii.gz] --verbose 1

done

我收到此行的错误for FILE in "${NIIFILES[@]}"; do(error: Bad substitution)，我不确定我的代码是否正确。专家可以帮我看一下吗？谢谢

答案1

与@oliv的回复类似，您需要将其声明为数组。将其声明为数组的更安全方法是：

declare -a NIIFILES=( "$INPUT_DIRECTORY"/*.nii )

它对内容提供了更多的控制，因为它毫无疑问地将其标记为数组，以便下一个开发人员可以看到它。

一种更简便的方法，或者如果空间以后可能成为问题（由于树中的文件/文件夹太多），您可以使用：

for FILE in "INPUT_DIRECTORY"/*.nii; do
  FILENAME="$(basename $FILE $NIIEXT)"
  ${N4} -d ${DIMENSION} -i ${FILENAME}.nii -s ${N4_SHRINK_FACTOR} -c ${N4_CONVERGENCE} -b ${N4_BSPLINE_PARAMS} -o ["(${SEGMENTATION_N4_IMAGES}/${FILENAME})".nii,"(${BIAS_DIRECTORY}/${FILENAME})".nii.gz] --verbose 1
done

当然，这完全取决于个人喜好。这些和类似的结构可以在这个 stackoverflow 问题。

希望这可以帮助。

答案2

您NIIFILES被声明为一个字符串而不是一个数组。

假设文件的文件名中没有空格，您可以使用：

NIIFILES=( "$INPUT_DIRECTORY"/*.nii )

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