如何在R 3.3.2中不间断地安装和使用scatter3d？

2024-5-27 • tag-icon

我正在尝试按照说明在 R 3.3.2 中获得交互式 3D 散点图这里并研究 Rtsne 3d 功能这里。我尝试将动态颜色与RColorBrewer任何 3D 颜色绘图包一起使用，此处选择scatter3d。我没有找到任何被调用的包，scatter3d所以我不确定该函数到底在哪里。我以 root 身份收到以下通知install.packages('scatter3d')。我已经做了install.packages('rgl')

package ‘scatter3d’ is not available (for R version 3.3.2)

伪代码示例[本例不需要]

我显示以下代码是因为我不确定如何进入scatter3dLinux

## Startup
# Mx <- [choose any matrix here]
N <- length(Mx)
perplex <- 0

library('Rtsne')
# https://www.codeproject.com/Tips/788739/Visualization-of-High-Dimensional-Data-using-t-SNE

# https://cran.r-project.org/web/packages/Rtsne/Rtsne.pdf
rtsne_out <- Rtsne(as.matrix(Mx), perplexity = perplex, 
  dims=3,
  pca=TRUE, 
  check_duplicates=FALSE
)

## Fails because missing package scatter3d 
library('RColorBrewer')
library('rgl') # scatter3d
colors <- brewer.pal(n=N, name="Dark2")
# TODO scatter3d not available in R 3.3.2
scatter3d(x=rtsne_out$Y[,1],y=rtsne_out$Y[,2],z=rtsne_out$Y[,3], 
          surface=FALSE, grid = FALSE, ellipsoid = TRUE,
          surface.col = colors)

测试罗德里戈的答案

Rodrigo的成功点：做install.packages('car')的是一个回归包，而不是一个数据包。

我在函数内调用以下函数。完成该功能后，交互scatter3d关闭，这是有问题的，因为我无法再使用可视化交互窗口，因为运行时间很短

scatter3d(x=rtsne_out$Y[,1],y=rtsne_out$Y[,2],z=rtsne_out$Y[,3], 
          surface=FALSE, grid = FALSE, ellipsoid = TRUE,
          surface.col = colors)

我尝试通过以下方式返回函数内的可视化对象但未成功

result <- scatter3d(...)
return(result)

按键暂停在函数内没有帮助，在函数外也没有帮助；脚本继续运行，可视化结束，窗口不保持打开状态

result
cat ("Press [enter] to continue") # http://stackoverflow.com/a/18746519/54964
line <- readline()
#readline(prompt="Press [enter] to continue") # http://stackoverflow.com/a/18746519/54964

par(ask=TRUE) #http://r.789695.n4.nabble.com/Pause-on-graphics-td845261.html之前做scatter3d也没有帮助。

操作系统：Debian 8.5
R：3.3.2

答案1

一个简单的例子，使用rgl库。

install.packages('rgl',depend=T)
library(rgl)
ce <- read.csv('_CE3D.txt',sep='\t',header=T)
cd <- read.csv('_CD3D.txt',sep='\t',header=T)
plot3d(ce$x,ce$y,ce$z)
plot3d(cd$x,cd$y,cd$z,add=T,col=2)

这些图像来自不同的示例，但仅用于说明。您可以单击并拖动鼠标来旋转。

伪代码示例[本例不需要]

测试罗德里戈的答案

答案1

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