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AUTODOCK软件安装问题

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AUTODOCK软件安装问题

我是 Ubuntu 的新用户。我一直使用 Windows，但对终端和命令行知之甚少。（（因为我是一名具有医学背景的研究人员。）但我一直在关注这个 Ubuntu 论坛。它对我帮助很大。我真的衷心感谢 Ubuntu 论坛的这一巨大努力。

现在，我正在寻找与安装 AUTODOCK 和 AUTODOCK 工具（ADT）相关的特定问题的解决方案。

我正在使用 Ubuntu 15.04。我正在使用 Synaptic 包管理器安装不同的程序和应用程序。我成功地安装了 MGLtools、AUTODOCK、AUTODOCK 工具包及其来自此管理器的其他文件。这些也出现在已安装包列表中。

但当我尝试启动“ADT”或“Autodock”应用程序时，我没有找到图标（因为“Avogadro”的图标在安装后确实出现了）。我也尝试通过终端启动它……但它显示“未找到命令”。

请告诉我安装该软件的正确步骤。或者我在安装软件时哪里出错了。

我真的需要尽快在我的系统上安装这个应用程序。这个软件是我开始使用 Ubuntu 的主要原因之一。

下面我展示了终端的命令及其输出。我希望它能帮助你更好地理解问题。

akanksha@akanksha-Inspiron-3542:~$ autodock
No command 'autodock' found, did you mean:
 Command 'autodock4' from package 'autodock' (universe)
autodock: command not found
akanksha@akanksha-Inspiron-3542:~$ autodock4
usage: AutoDock     -p parameter_filename
            -l log_filename
            -k (Keep original residue numbers)
            -i (Ignore header-checking)
            -t (Parse the PDBQT file to check torsions, then stop.)
            -d (Increment debug level)
            -C (Print copyright notice)
            --version (Print autodock version)
            --help (Display this message)


akanksha@akanksha-Inspiron-3542:~$ autodock-vina
autodock-vina: command not found
akanksha@akanksha-Inspiron-3542:~$

答案1

您的安装是正确的。要查看启动器中的图标，您需要一个桌面文件，当然还需要一个可执行文件。要使用命令行，您只需要一个可执行文件。但是有一个大问题，请查看我的答案的结尾。

  1. 包裹autodock

    • 可执行文件

      /usr/bin/autodock4

    • 桌面文件

      没有任何

  2. 包裹autodocktools

    • 可执行文件

      /usr/bin/autodocktools
/usr/bin/autoligand
/usr/bin/runAdt

    • 桌面文件

      没有任何

  3. 包裹avogadro

    • 可执行文件

      /usr/bin/avogadro
/usr/bin/avopkg

    • 桌面文件

      /usr/share/applications/avogadro.desktop

      因此你可以在启动器中通过 Avogadro 启动它

  4. 包裹autodock-vina

    • 可执行文件

      /usr/bin/vina
/usr/bin/vina_split

    • 桌面文件

      没有任何

我为什么知道这个？

尝试下面的命令，以 开头的行%是命令。所有其他行都是命令的输出。

% dpkg -L autodock | grep desktop

% dpkg -L autodock | grep /bin
/usr/bin
/usr/bin/autodock4

% dpkg -L autodocktools | grep desktop

% dpkg -L autodocktools | grep /bin
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin/adt3
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin/adt
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin/runAdt.py
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin/runAdt
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin/adt4
/usr/bin
/usr/bin/runAdt
/usr/bin/autoligand
/usr/bin/autodocktools


% dpkg -L avogadro | grep desktop
/usr/share/applications/avogadro.desktop

% dpkg -L avogadro | grep /bin   
/usr/bin
/usr/bin/avopkg
/usr/bin/avogadro

% dpkg -L autodock-vina | grep desktop

% dpkg -L autodock-vina | grep /bin   
/usr/bin
/usr/bin/vina_split
/usr/bin/vina

问题

通过终端启动 ADT 后，/usr/bin/autodocktools您将看到类似以下内容：

Run ADT from  /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/__init__.py", line 433, in runADT
    title=title, withShell= not interactive, verbose=False, gui=gui)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/Pmv/moleculeViewer.py", line 1026, in __init__
    trapExceptions=trapExceptions)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/ViewerFramework/VF.py", line 387, in __init__
    verbose=verbose)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/ViewerFramework/VFGUI.py", line 444, in __init__
    verbose=verbose,guiMaster=VIEWER_root,)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Viewer.py", line 586, in __init__
    cnf=cnf, **kw)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Viewer.py", line 285, in AddCamera
    c = classCamera(master, screenName, self, num, cnf=cnf, **kw)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Camera.py", line 2189, in __init__
    self.AddTrackball()
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Camera.py", line 2583, in AddTrackball
    self.trackball = Trackball(self, size, rscale, tscale, sscale, renorm )
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Trackball.py", line 88, in __init__
    self.createSpinGui()
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Trackball.py", line 726, in createSpinGui
    callback=self.setWithSpinGui,
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/mglutil/gui/BasicWidgets/Tk/vector3DGUI.py", line 90, in __init__
    self.createEntries(self.frame)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/mglutil/gui/BasicWidgets/Tk/vector3DGUI.py", line 360, in createEntries
    self.f.grid(column=3, rowspan=3)
  File "/usr/lib/python2.7/lib-tk/Tkinter.py", line 2022, in grid_configure
    + self._options(cnf, kw))
TclError: cannot use geometry manager grid inside .140381967613608.140381967671520.140381951084592.140381951131944 which already has slaves managed by pack
hit enter to continue

这似乎是 Ubuntu/Debian 中的一个已知错误，我目前不知道如何修复它。

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