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用 Python 编写的源 shell 脚本

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用 Python 编写的源 shell 脚本

我有一个 shell 脚本文件和一个 python 脚本文件

shell脚本文件(STEP0.sh)包含以下内容：

#!/bin/bash

DIR="/sc/arion/projects/Variants/annotations/gnomAD"
IN="/sc/arion/projects/Variants/gnomad.exomes.r2.1.1.sites.liftover_grch38.vcf.gz

python 脚本文件（STEP11.py）包含以下内容：

import pandas as pd
import sys
from functools import reduce

f1 = pd.read_csv('$DIR/STEP5_out/vep5.csv')
f2 = pd.read_csv('$DIR/STEP6_out/vep6.csv')
f3 = pd.read_csv('$DIR/STEP7_out/vep7.csv')

我想做的事

  1. 我想使用（通过获取）python 脚本中的 shell 脚本目录作为 csv 文件的目录。其中 $DIR 表示 shell 脚本中的变量。

答案1

你应该这么做前你调用python。使用包装器脚本（launch_steps.sh）：

#!/bin/bash
# automatically export variables
set -a
. ./STEP0.sh
exec python ./STEP11.py

然后在python中：

  • 添加import os
  • 抓住变量：dir = os.environ["DIR"]
  • 和：f1 = pd.read_csv(dir + '/STEP5_out/vep5.csv')

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