我有以下代码“不是我的”
wget -qO- http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/snp142Common.txt.gz \
| gunzip -c - \
| cut -f2,3,4,5,10 - \
| sort-bed - \
> hg19.snp142.bed
当我在终端上运行它时,出现以下错误
排序床:未找到命令
如何修复它?
答案1
sort-bed
包含在BEDOPS:快速、高度可扩展且易于并行的基因组分析工具包,可以轻松安装以下这些步骤:
- 从以下地址下载适用于 Linux 的最新 64 位软件包Github BEDOPS 版本。可以通过调整编译时变量通过源代码构建 32 位二进制文件,请参阅这里。
将包解压缩到您选择的位置。对于 64 位 Linux:
tar jxvf bedops_linux_x86_64-vx.y.z.tar.bz2
将
x
,y
和替换z
为您下载的 BEDOPS 版本号。将提取的二进制文件复制到您选择的环境中的位置
PATH
,例如/usr/local/bin
:cp bin/* /usr/local/bin
根据需要更改此目标文件夹。