未找到排序床命令

Question

我有以下代码“不是我的”

wget -qO- http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/snp142Common.txt.gz \
    | gunzip -c - \
    | cut -f2,3,4,5,10 - \
    | sort-bed - \
    > hg19.snp142.bed

当我在终端上运行它时，出现以下错误

排序床：未找到命令

如何修复它？

Answer 1

sort-bed包含在BEDOPS：快速、高度可扩展且易于并行的基因组分析工具包，可以轻松安装以下这些步骤：

1. 从以下地址下载适用于 Linux 的最新 64 位软件包Github BEDOPS 版本。可以通过调整编译时变量通过源代码构建 32 位二进制文​​件，请参阅这里。

2. 将包解压缩到您选择的位置。对于 64 位 Linux：

   tar jxvf bedops_linux_x86_64-vx.y.z.tar.bz2
   

   将x,y和替换z为您下载的 BEDOPS 版本号。

3. 将提取的二进制文件复制到您选择的环境中的位置PATH，例如/usr/local/bin：

   cp bin/* /usr/local/bin
   

   根据需要更改此目标文件夹。