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使用 Bash 脚本中的子 shell

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使用 Bash 脚本中的子 shell

我正在使用软件（QIIME）它使用自己的子 shell 来运行命令：

您不再需要在 QIIME 命令前输入“macqiime”！相反，您只需在启动新的终端会话时输入一次“macqiime”。这将启动一个带有 QIIME 环境变量的新子 shell。

完成后，您可以运行所有想要的 qiime 命令，而无需“macqiime”命令。

我正在开发一个 bash 脚本，它可以自动启动作业，并应自动通过 QIIME 环境运行脚本。我知道如何从命令行手动执行此操作（如上所述）；但是我不知道如何从 bash 脚本自动执行此操作。

有人能帮忙吗？谢谢！

编辑：

你可以通过阅读“高级 MacQIIME 黑客攻击“

答案1

macqiime您想使用作为解释器来运行脚本。
您可以在#!第一行使用 来指定。

以此作为第一行（使用真实路径）启动您的脚本：

#!/path/to/macqiime

如果不清楚PATH程序中的位置，但它在PATH，您可以使用

#!env macqiime

作为第一行 - 它必须是真正的第一行，没有空行，并且之前没有注释行。

附录

事实证明，该命令macqiime无法像上面描述的那样使用，请参阅下面的用法。但它不能这样工作似乎没有其他原因，只是因为它是一个非常小的脚本，没有实现从 stdin 读取。

因此，在一般情况下，对于其他行为如问题中描述的程序，上述答案应该适用。

在特殊情况下macqiime，文档解释了如何在 shell 解释器风格中使用该软件：

你必须用类似这样的内容编写自己的脚本：

#!/bin/bash
source /macqiime/configs/bash_profile.txt
align_seqs.py -i "$@"

如果调用了该脚本，qiime_script那么您可以从命令行调用它：qiime_script options其中选项传递给$1，$2等。

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