PyMOL 有一个名为 APBS 工具的插件（http://www.pymolwiki.org/index.php/Apbsplugin) 需要三个不同的文件输入：
- APBS 二进制文件 (apbs.exe)
- APBS psize.py 文件
- PDB2PQR pdb2pqr.py 文件
我已经安装了 APBS，并且我的 C:\APBS 目录中有 apbs.exe 和 psize.py。PDB2PQR 是问题所在，我已下载http://sourceforge.net/projects/pdb2pqr/files/latest/download（适用于 64 位 Windows 的 2.0.0 版）提取了其内容，但在提取的目录中找不到任何 pdb2pqr.py 文件。我还尝试下载 pdb2pqr 1.8.0 tarball（.tar.gz）并提取其内容，因为我在 PyMOL 用户邮件列表中被告知它应该包含一个 pdb2pqr.py 文件，并且可能与 PyMOL 更兼容。但这个 tarball 是源代码，必须进行编译，据我所知，这在 Windows 7 上是不可能的。
答案1
http://www.poissonboltzmann.org/
这是通过与他们的技术帮助部分和支持部门聊天来获得答案的最有效方法。至于在 Windows 7 上进行编译，是的，只要您拥有完整的源代码和编译例程文件，就可以。
您可能会遇到软件故障，因为 Windows 7 不接受未签名的驱动程序，再加上您在根目录中进行安装，这是一个坏主意，因为 Win 7、8 等在根目录中设置了阻止旧式安装的阻止功能。
就我个人而言，我会考虑对安装进行更改，看看是否可以将其安装在主程序文件目录或程序文件 x86 中（如果它是 32 位软件）。
您可能会发现有必要修改驱动器的安全功能以允许安装。在继续之前，请阅读 Microsoft 的说明，并在编译之前仔细检查任何编码。如果它是基于 Linux / Unix 服务器的系统，虚拟 Ubuntu 服务器双重安装可能会对您有所帮助。
这是一般信息，因为我对问题涉及的用途或文件系统一无所知，应将其视为建议。如果有疑问，请与制造商联系并获得帮助，这应该始终是您的第一选择。