在每个向前箭头 (>) 前面添加一个新行 (\n)

Question

我的file1.fa格式如下：

>XXX[YY]
ZZZZZZ>XXX[YY]
ZZZZZZ>XXX[YY]
ZZZZZZ

我试图使用 sed 命令在前进箭头之前添加新行，但它不起作用。

sed 's/ \?\>/ \n\>/g' file1.fa > file2.fa

所需的文件格式：

>XXX[YY]
ZZZZZZ
>XXX[YY]
ZZZZZZ
>XXX[YY]
ZZZZZZ

我已经尝试过与其他角色一起使用，并且脚本运行得很好。

我想知道在 sed 中处理前向箭头时是否必须包含任何限制？或者有人知道这里出了什么问题吗？

Answer 1

你不应该逃避>（\>是一个特殊的字边界图案）。

这对我有用（使用 GNU sed）：

 sed -e 's/>/\n>/g' file1

对于你的情况，我得到的输出是：

>XXX[YY]
ZZZZZZ
>XXX[YY]
ZZZZZZ
>XXX[YY]
ZZZZZZ

Answer 2

这\>是一种特殊模式，将匹配单词和非单词字符之间的零宽度空格。从任何意义上来说， the>都不特殊，因此不需要对其进行转义。

>要在除第一行之外的每一行之前添加换行符，使用 standard sed，您可以这样做

$ sed '2,${ y/>/\n/;s/\n/&>/g; }' file
>XXX[YY]
ZZZZZZ
>XXX[YY]
ZZZZZZ
>XXX[YY]
ZZZZZZ

标准sed无法使用 插入换行符s/>/\n>/g，因此我们必须分两步完成。

寻址2,$输入中除初始行之外的所有行。其中的命令{ ... }将应用于这些行。

该命令正在用换行符y/>/\n/替换该字符的所有实例。>命令y​能在标准中插入换行符sed。

将每个生成的换行符替换s/\n/&>/g为匹配的换行符，后跟>。当&出现在命令的替换部分时s，它会插入任何匹配的模式。

Answer 3

我尝试了下面的方法，效果很好

命令： sed "/^[^>]/s/>.*/\n&/g" filename

输出

sed "/^[^>]/s/>.*/\n&/g" filename
>XXX[YY]
ZZZZZZ
>XXX[YY]
ZZZZZZ
>XXX[YY]
ZZZZZZ