文本文件处理的Linux命令在终端中工作但在PHP中不工作

Question

我正在处理剪切（同时保留原始数据）第一行和第一列并以另一个文件名保存新文件。我可以在终端中执行命令，但相同的代码在 Xampp 中的 PHP 中不起作用。输入文件看起来像我在终端中使用的以下代码。

grep -v 'Pub' filename1 | cut -d ',' -f2- > filename2
perl -pi -e 's/\n/,+1\n/g' filename2

我在 Xampp 中的 PHP 脚本中使用的代码是

system("grep -v 'Pub' $dir/filename1 | cut -d ',' -f2- > $dir/filename2");
system("perl -pi -e 's/\n/,+1\n/g' $dir/filename2");

文件名 1（分隔符 = ,）

名称、nAcid、ALogP、ALogp2、AMR、apol、naAromAtom、nAromBond、nAtom

“mol1”,0,-2.0696,4.28324,227.7164,130.7204,0,0,116

文件名 2（我想要的输出）

0,-2.0696,4.28324,227.7164,130.7204,0,0,116