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循环使用不同目录中的多个文件运行程序

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循环使用不同目录中的多个文件运行程序

所以我尝试运行一个程序 iRep，通常它运行为-

iRep -f Bins/10000A-01-01_bin.* -s sam/10000A-01-01.sam.sorted.sam --sort -o 10000A-01-01_iRep_output

在 sam 文件夹中 -

10000A-01-01.sam.sorted.sam
10000A-01-02.sam.sorted.sam
10000A-01-03.sam.sorted.sam

在 Bins 文件夹中 -

10000A-01-01_bin.1.fa
10000A-01-01_bin.2.fa
10000A-01-01_bin.3.fa

10000A-01-02_bin.1.fa
10000A-01-02_bin.2.fa
10000A-01-02_bin.3.fa

10000A-01-03_bin.1.fa
10000A-01-03_bin.3.fa
10000A-01-03_bin.5.fa
10000A-01-03_bin.7.fa

我想要一个循环，可以在一个命令中完成所有操作，而不是单独为每个示例运行每个命令，例如

iRep -f Bins/10000A-01-01_bin.* -s sam/10000A-01-01.sam.sorted.sam --sort -o 10000A-01-01_iRep_output
iRep -f Bins/10000A-01-02_bin.* -s sam/10000A-01-02.sam.sorted.sam --sort -o 10000A-01-02_iRep_output
iRep -f Bins/10000A-01-03_bin.* -s sam/10000A-01-03.sam.sorted.sam --sort -o 10000A-01-03_iRep_output

知道我该怎么做吗？

答案1

#!/bin/sh

# Loop over the SAM files
for sam in sam/*.sam.sorted.sam; do
    # Extract the sample name by taking the basename of the SAM file
    # and removing the known filename suffix.
    sample=$(basename "$sam" .sam.sorted.sam)

    # Call iRep (as described in the question)
    iRep -f Bins/"$sample"_bin.* -s "$sam" --sort -o "$sample"_iRep_output
done

鉴于问题中的文件，这最终将运行

iRep -f Bins/10000A-01-01_bin.1.fa Bins/10000A-01-01_bin.2.fa Bins/10000A-01-01_bin.3.fa -s sam/10000A-01-01.sam.sorted.sam --sort -o 10000A-01-01_iRep_output
iRep -f Bins/10000A-01-02_bin.1.fa Bins/10000A-01-02_bin.2.fa Bins/10000A-01-02_bin.3.fa -s sam/10000A-01-02.sam.sorted.sam --sort -o 10000A-01-02_iRep_output
iRep -f Bins/10000A-01-03_bin.1.fa Bins/10000A-01-03_bin.3.fa Bins/10000A-01-03_bin.5.fa -s sam/10000A-01-03.sam.sorted.sam --sort -o 10000A-01-03_iRep_output

答案2

使用 GNU Parallel 看起来像这样：

parallel --plus iRep -f Bins/{/...}_bin.* -s {} --sort -o {/...}_iRep_output ::: sam/*.sam.sorted.sam

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