如何在 singularity 中运行 conda 命令？

Question 1

好的，从顶部开始，尝试从 Dockerfile 构建映像会导致：

PackagesNotFoundError：当前渠道无法提供以下软件包：

q2模板

我将继续假设您要安装q2templates。

编写 Dockerfile 时，您应该尽量减少层数并尽可能减小最终图像。

为此，您应该遵循一些规则：

RUN切勿连续使用多条指令。
始终删除所有缓存、安装程序和其他不必要的文件。
不要安装非绝对必要的东西。
不要创建任何文件的相同副本 - 而是使用符号或硬链接。

在您的情况下，所有 4 条规则都被打破了——您RUN连续有 3 条指令，安装了两次 Python 3.8（一次作为系统包，一次使用 Miniconda），安装后没有执行任何清理，并且将conda脚本复制到了另一个目录。

现在我们可以讨论 Docker-Singularity 兼容性。

Docker 容器内的进程默认以用户身份运行root。这意味着$HOME 设置为/root，因此 Miniconda 安装到/root/miniconda3- 换句话说，在 root 的主目录中，只有 root 才能访问，即使其中的文件具有a+rx 权限。

Singularity 容器内部的进程按照用户执行的命令运行singularity。

这意味着您必须将 Miniconda 安装在其他位置/root并更改其安装目录的权限以允许每个人都可以访问：

./Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh -b -p /opt/miniconda3
chmod --recursive a+rw /opt/miniconda3

所以最终结果Dockerfile是：

FROM ubuntu:20.04

ENV DEBIAN_FRONTEND=noninteractive

RUN apt-get update && \
    apt-get install -y \
    apt-utils \
    wget=1.20.3-1ubuntu1 \
    git=1:2.25.1-1ubuntu3 && \
    apt-get clean && \
    rm -rf rm -rf /var/lib/apt/lists/* && \
    wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh && \
    chmod +x Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh && \
    ./Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh -b -p /opt/miniconda3 && \
    ln -s /opt/miniconda3/bin/conda /usr/bin/conda && \
    wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2020.8-py36-linux-conda.yml && \
    conda env create -n qiime2-2020.8 --file qiime2-2020.8-py36-linux-conda.yml && \
    conda install -y -n qiime2-2020.8 -c conda-forge -c bioconda -c qiime2 -c defaults q2cli q2templates q2-types q2-feature-table q2-metadata vsearch snakemake && \
    chmod --recursive a+rw /opt/miniconda3 && \
    apt-get clean && \
    rm -rf /var/lib/apt/lists/* && \
    rm /qiime2-2020.8-py36-linux-conda.yml && \
    rm /Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh

CMD ["/bin/bash"]

这样你的命令singularity exec ~/dockerimage.sif conda就可以运行并显示 conda 用法了。不幸的是，如果你尝试执行其他一些命令，例如， singularity exec ~/dockerimage.sif conda run python -v你会得到类似这样的错误：

OSError：[Errno 30] 只读文件系统：'/opt/miniconda3/.tmp58csqy_a'

因为除了挂载的目录之外，Singularity 容器是不可变的。

此外singularity exec ~/dockerimage.sif conda activate qiime2-2020.8还会失败：

CommandNotFoundError：您的 shell 未正确配置为使用“conda activate”。要初始化您的 shell，请运行
$ conda init <SHELL_NAME>
目前支持的 shell 有：

狂欢

鱼

tcsh

迅捷

嘚

电源外壳

查看“conda init --help”了解更多信息和选项。

重要提示：运行“conda init”后，您可能需要关闭并重新启动 shell。

即使您已经正确修改了您的 shell（使用 Bash 测试）。

我设法让它工作的唯一方法是运行：

singularity shell ~/dockerimage.sif

然后在容器内

conda init # Modifies .bashrc on your host machine
source .bashrc # Loads modified .bashrc
export LC_ALL=C.UTF-8 # Sets locale to UTF-8
export LANG=C.UTF-8 # Sets locale to UTF-8
conda activate qiime2-2020.8 # Activates the environment

链接：

GitHub 上的 Dockerfile Docker Hub 上的镜像（使用标签latest，其他标签可能不起作用）

Answer