我正在尝试启动一个 singularity 容器，然后在该容器内运行一个 python 脚本。如果我在外部运行这些命令，它们会单独运行，但是一旦我将它们放入 shell 脚本并运行该 shell 脚本，python 脚本就不会执行，直到我关闭 singularity 环境。这是脚本 #!/bin/bash singularity run /home/___/singularity_containers/singularity_container.simg bash python3 /home/___/__/__/src/hello_world.py 如果我...
在终端中按顺序运行这两个命令时， singularity run /home/___/singularity_containers/singularity_container.simg bash python3 /home/__/__/___/src/python_file.py 一切都正确执行，但是当尝试从批处理文件运行它时 singularity exec /home/__/singularity_containers/singularity_container.simg python3 /home/___/____/____/src/python_f...
我正在尝试在 Singularity 配方文件的部分中创建软链接%setup。如果链接是相对的，则不起作用。例如： ln -s ${SINGULARITY_ROOTFS}../python2/2.7.5a ${SINGULARITY_ROOTFS}/usr/pkgs/python/2.7.5 它创建： lrwxrwxrwx 1 root root 49 Apr 24 06:33 /tmp/build-temp-976030219/rootfs/usr/pkgs/python/2.7.5 -> /tmp/build-temp-976030219/roo...
我想使用 singularity 运行 conda 命令。该命令是： singularity exec ~/dockerimage.sif conda 它会产生一个错误： /.singularity.d/actions/exec: 9: exec: conda: Permission denied 这是我的docker文件： FROM ubuntu:20.04 ARG DEBIAN_FRONTEND=noninteractive RUN apt-get update && apt-get install -y apt-utils wg...