如何在 shell 脚本中从奇点容器内部运行奇点容器和 python 代码？

Question

我正在尝试启动一个 singularity 容器，然后在该容器内运行一个 python 脚本。如果我在外部运行这些命令，它们会单独运行，但是一旦我将它们放入 shell 脚本并运行该 shell 脚本，python 脚本就不会执行，直到我关闭 singularity 环境。这是脚本

#!/bin/bash
singularity run /home/___/singularity_containers/singularity_container.simg bash
python3 /home/___/__/__/src/hello_world.py

如果我使用 ./my_script.sh 运行它，它会进入奇点环境，但不会执行 Python 代码，直到我手动“退出”奇点环境。我该如何链接命令，以便 Python 脚本在奇点环境中执行？

Answer 1

您可能需要绑定外部目录，以便脚本和容器可以一起执行。下一个链接可能会对您有所帮助：https://hpc.nih.gov/apps/singularity.html