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计算 DNA 文件中的 DNA 密码子

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计算 DNA 文件中的 DNA 密码子

我想创建一个 bash 脚本，它接收一个 dna 文件并检查它是否没有换行符或空格字符，然后输出唯一的密码子及其出现的次数。我使用了以下代码，但密码子一直给我输出“bash-3.2$”。我很困惑我的语法是否错误以及为什么我没有得到正确的输出。

! /bin/bash

for (( pos=1; pos < length - 1; ++pos )); do
    codon = substr($1, $pos, 3)
    tr-d '\n' $1 | awk -f '{print $codon}' | sort | uniq -c
done

例如，如果名为 dnafile 的文件包含模式 aacacgaactttaacacg，则脚本将采用以下输入和输出

 $script dnafile              
 aac 3
 acg 2
 ttt 1

答案1

您得到该输出是因为脚本的第一行启动了一个新的bashshell。

该行应该读作

#!/bin/bash

（注意#开头的 ）。

然后，您awk以一种永远行不通的方式将语法与 shell 代码混合在一起。

相反，保持简单并将文件分成三个字符组，对它们进行排序并计算您获得了多少个独特的字符：

$ fold -w 3 dnafile | sort | uniq -c
   3 aac
   2 acg
   1 ttt

只要输入始终包含三个字符的倍数，并且没有嵌入空格或其他字符，这种方法就可以工作。

答案2

(echo aacacgaactttaacacg ;echo aacacgaactttaacacg ) |
  perl -ne '# Split input into triplets (A3)
            # use each triplet as key in the hash table count
            #   and increase the value for the key
            map { $count{$_}++ } unpack("(A3)*",$_);
            # When we are at the end of the file
            END{ 
                 # Remove the key "" (which is wrong)
                 delete $count{""};
                 # For each key: Print key, count
                 print map { "$_ $count{$_}\n" } keys %count
            }'

答案3

稍微冗长的awk版本

awk 'BEGINFILE{print FILENAME; delete codon}
     ENDFILE {
     if (NR!=1 || NF!=1 || length($0)%3!=0){
         print "is broken"}
     else{
         for (i=1; i<=length($0); i+=3) codon[substr($0,i,3)]++}; 
         for (c in codon) print c, codon[c]; 
         print ""}' file*

对于这个输入

文件1：好的

aacacgaactttaacacg

文件2：空格

aacacgaact ttaacacg

文件3：换行符

aacacgaact
ttaacacg

file4：不是 3 个碱基的倍数

aacacgaactttaacac

你得到

file1
aac 3
ttt 1
acg 2

file2
is broken

file3
is broken

file4
is broken

如果您只想修复文件并且没有像file4您cat的文件tr从一端awk或另一端通过的文件，就像您的示例一样

<<< $(cat file[1..3] | tr -d "\n ")

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