我主要使用工作站对新配体/药物进行基于外壳的虚拟筛选（涉及算法和输出评估）和分子动力学。虚拟筛选每次涉及评估大约 100k-300k 配体。我通常将我的总配体分成许多簇。另外，我将工作拆分并在多个终端中运行（使用 Tmux），从而增加了容量。
正如一位论坛成员 @muru 在另一篇文章中指出的那样，我了解到我没有以正确的方式优化 RAM 的消耗。我的工作站有 16 个核心和 64 GB RAM。
每当我启动一项工作时，我的 CPU 利用率显示为 100% 使用，但我的 RAM 通常仅消耗 10 GB 或最多 15 GB。剩余的 RAM 从未被使用。
我的问题是：
如何优化才能充分利用 RAM？有没有办法让进程使用更多 RAM 来执行？
答案1
优化应用程序的关键是了解瓶颈在哪里。就您而言，计算速度似乎是瓶颈，因为 RAM 并没有限制您。然后，您必须询问您的程序是否会从拥有更多可用 RAM 中受益，需要问自己的一些有用的问题是：
- 我的程序是否多次计算相同（相对较长）的事物？
如果是这样，您可以使用动态规划缓存长时间计算的结果，从而提高计算速度
- 我的程序是否定期读取/写入磁盘？
如果你的读/写总是在同一个文件上，Linux会自动缓存/缓冲它们以提高速度，但如果你正在从多个文件中读取，或者以不可预测的方式，那么最好拉取所有数据你会需要从磁盘到 RAM，对存储在RAM中的数据进行所有计算，最后将所有内容写入磁盘。