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在文件列表上运行脚本

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在文件列表上运行脚本

我有一个脚本，它获取 .vcf 文件，解析该文件并将其写入 .txt

grep -v "#" file.vcf | sed 's/chrM/MT/' | sed 's/chrX/X/' | sed 's/chrY/Y/' | awk '{print $1,$2,$2,$4"/"$5,"+"}' | sed 's/chr//g' > vcf_output.txt

我有 27 个.vcf文件，我想在其中同时运行此脚本，并将每个文件的输出.vcf按.txt该文件的名称写入.vcf

我在谷歌中找到了这个，但运行后没有任何反应

for f in *.vcf; do
    script "$f" > "${f%.*}.txt"
done

我采用了如下所示

for f in *.vcf; do

grep -v "#" | sed 's/chrM/MT/' | sed 's/chrX/X/' | sed 's/chrY/Y/' | awk '{print $1,$2,$2,$4"/"$5,"+"}' | sed 's/chr//g' "$f" > "${f%.*}.txt"
    done

我也尝试过

(base) loan-mac-13:Pre_Treatment fi1d18$ find -type f -name "*.vcf" | xargs grep -v "#" | sed 's/chrM/MT/' | sed 's/chrX/X/' | sed 's/chrY/Y/' | awk '{print $1,$2,$2,$4"/"$5,"+"}' | sed 's/chr//g' "$f" > "${f%.*}.txt"
find: illegal option -- t
usage: find [-H | -L | -P] [-EXdsx] [-f path] path ... [expression]
       find [-H | -L | -P] [-EXdsx] -f path [path ...] [expression]
sed: : No such file or directory
(base) loan-mac-13:Pre_Treatment fi1d18$

我怎样才能推动它为我工作？

答案1

您将script "$f"google 输出转换为shell 循环脚本中的grep -v "#"（即缺少），然后您在脚本中的错误位置使用它而不是使用它。"$f""$f"{}xargs

无论如何，当您使用 awk 时，您永远不需要在管道中使用一堆 sed 和 grep。您没有提供任何示例输入/输出，因此以下 awk 脚本只是现有管道的直接翻译，可能有更好的方法来编写它，但是这个 awk 脚本就是您所需要的，没有 shell 循环或其他任何内容:

awk '
    FNR == 1 {
        close(out)
        out = FILENAME
        sub(/\.vcf$/,".txt",out)
    }
    !/#/ {
        sub(/chrM/,"MT")
        sub(/chrX/,"X")
        sub(/chrY/,"Y")
        $0 = $1 OFS $2 OFS $2 OFS $4 "/" $5 OFS "+"
        gsub(/chr/,"")
        print > out
    }
' *.vcf

如果您想像使用 grep+seds+awk 管道那样将其塞入更少的行中，则可以在所有想要删除的换行符处使用分号，除了每个之后{，例如：

awk 'FNR==1{close(out); out=FILENAME; sub(/\.vcf$/,".txt",out)} !/#/{sub(/chrM/,"MT"); sub(/chrX/,"X"); sub(/chrY/,"Y"); $0=$1 OFS $2 OFS $2 OFS $4 "/" $5 OFS "+"; gsub(/chr/,""); print > out}' *.vcf

答案2

您可以使用 find 和 xargs 来实现。

查找将列出所有文件。

find -type f -name "*.vcf"

使用 xargs，我们可以对找到的每个文件进行操作。

find -type f -name "*.vcf" | xargs grep -v "#" | sed 's/chrM/MT/' | sed 's/chrX/X/' | sed 's/chrY/Y/' | awk '{print $1,$2,$2,$4"/"$5,"+"}' | sed 's/chr//g' "$f" > "${f%.*}.txt"

应该做这份工作吗？

问候

答案3

在不改变任何流程的情况下，以下内容应该可以工作。请注意，您没有向管道中的第一个命令 grep 输入任何内容。所以什么都没有动。

for f in *.vcf; do

< "$f"  grep -v "#" | sed 's/chrM/MT/' | sed 's/chrX/X/' | sed 's/chrY/Y/' | awk '{print $1,$2,$2,$4"/"$5,"+"}' | sed 's/chr//g'  > "${f%.*}.txt"
    done

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