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如何从特定节点运行脚本并激活 conda 环境？

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如何从特定节点运行脚本并激活 conda 环境？

我有一个 python 程序，它在安装在集群的特定节点中的 conda 环境中运行。我想将其提交到 qsub 但只需要帮助。我的脚本是：

#!/bin/bash
source conda activate myenv
pyhton3.6 myprogram.py

我已经尝试过：

  • ssh **node** 'export SGE_ROOT=/usr/local/run/ge2011.11; /usr/local/run/ge2011.11/bin/linux-x64/qsub script.sh'

    但说

    Unable to run job: denied: host "**node**" is no submit hot. Exiting

  • qsub cwd -V qu=**node** script.sh

    但说

    Unable to read script because of error: error opening cwd;error opening qu=**node**

谢谢！

答案1

也许这是一个弯路，但我做到了：

  1. 登录节点
  2. 包含在 myscript.py 中：
#!/anaconda3path/bin/python3.6
  1. 运行为：
nohup python3.6 myprogram.py > NNp.out &

问题解决了！

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