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需要在sed命令中指定数字

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需要在sed命令中指定数字

我有一个 fasta 文件，如下所示，

>accessory/4745/24/lake_sample_pv_strain_LH201_chromosome_Gene2509
ATGCTAG
>accessory/95/89.78/lake_sample_pv_strain_LH201_Gene125
TAGTCT

我需要accessory/numericals/numericals/从 fasta 标头中删除 的字符，因此我使用了以下命令，但它未能达到我的目的。

sed 's/accessory[/][0-9][/][0-9]//g' accessory.fasta

预期输出是

>lake_sample_pv_strain_LH201_chromosome_Gene2509
ATGCTAG
>lake_sample_pv_strain_LH201_Gene125
TAGTCT

请帮我解决这个问题。提前致谢。

答案1

你的正则表达式正在寻找“accessory/然后一个号码( [0-9])，然后是一个/“，它不会出现在您的文件中。您想要搜索一个或多个数字，并且您还希望允许.它不是数字。因此，使用与原始逻辑相同的逻辑，您会想要这样的东西：

$ sed -E 's/accessory[/][0-9.]+[/][0-9.]+[/]//' accessory.fasta
>lake_sample_pv_strain_LH201_chromosome_Gene2509
ATGCTAG
>lake_sample_pv_strain_LH201_Gene125
TAGTCT

请注意我没有使用g修饰符，因为它在这里没有用，因为每行只有一个匹配项。

然而，这是不必要的限制。如果文件如您所示，您只想删除所有内容，直到最后/一行：

$ sed -E 's|>.*/|>|' accessory.fasta 
>lake_sample_pv_strain_LH201_chromosome_Gene2509
ATGCTAG
>lake_sample_pv_strain_LH201_Gene125
TAGTCT

该s///运算符可以采用任何字符作为分隔符。因此，既然我知道我需要匹配/，我就会s|||避免需要逃避/.

如果您确实需要像原来那样受到限制，您可以简化为：

$ sed -E 's|accessory/[0-9.]+/[0-9.]+/||' accessory.fasta 
>lake_sample_pv_strain_LH201_chromosome_Gene2509
ATGCTAG
>lake_sample_pv_strain_LH201_Gene125
TAGTCT

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