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根据相应的文件名创建符号链接

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根据相应的文件名创建符号链接

我想为我的文件创建符号链接（总共350个文件）

cd ./my_files
PD26400a.fixedheader.hs37d5.cram
PD26400a.fixedheader.hs37d5.cram.crai
...

我有一个文本文件，其中 my_files 目录（第 2 列）中的每个文件名都对应于其旧名称（第 1 列）

SAMEA3471108.fixed.GRCh37d5.cram  PD26400a.fixedheader.hs37d5.cram
SAMEA3471108.fixed.GRCh37d5.cram.crai  PD26400a.fixedheader.hs37d5.cram.bai
SAMEA3471112.fixed.GRCh37d5.cram  PD26400b.fixedheader.hs37d5.cram
SAMEA3471112.fixed.GRCh37d5.cram.crai  PD26400b.fixedheader.hs37d5.cram.bai

我想生成符号链接并得到这个输出

SAMEA3471108.fixed.GRCh37d5.cram -> PD26400a.fixedheader.hs37d5.cram
SAMEA3471108.fixed.GRCh37d5.cram.crai -> PD26400a.fixedheader.hs37d5.cram.bai
SAMEA3471112.fixed.GRCh37d5.cram -> PD26400b.fixedheader.hs37d5.cram
SAMEA3471112.fixed.GRCh37d5.cram.crai -> PD26400b.fixedheader.hs37d5.cram.bai

我怎样才能做到这一点？

答案1

既然你已经有了两列，你尝试过 awk 吗？

echo 'SAMEA3471108.fixed.GRCh37d5.cram  PD26400a.fixedheader.hs37d5.cram' | awk '{print $1, "->", $2}'
SAMEA3471108.fixed.GRCh37d5.cram -> PD26400a.fixedheader.hs37d5.cram

你可以使用这样的东西，也许：

awk '{ system("ln $1 $2") }

答案2

$ < <(awk 'NF==2 {print "ln -s -T "$1 " " $2}' filein) xargs -0 bash -c

filein包含两列的文本文件在哪里。

编辑：将-s标志添加到lncmd 调用中，假设您需要符号链接而不是默认的硬链接。

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