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在两列文件中写入两个变量（制表符分隔）

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在两列文件中写入两个变量（制表符分隔）

GNU/Linux 新手大家好。

我想在两列制表符分隔的文件中写入两个变量。在我的代码中，变量是$sample_name和$file。

我使用命令：

  • touch创建文件并
  • echo -e $sample_name $file | column -t >> $output_file编写每一行。尽管这会产生一列文件。

有任何想法吗？

简化脚本：

touch $output_file
for file in $path/*.g.vcf; do
        sample_name=`echo $file | grep -P 'HG(\d+)(?=.g)' -o`
        echo -e $sample_name $file | column -t >> $output_file
done

预期输出（查看输出文件）：

HG00321        ./.../HG00321/HG00321.g.vcf
HG00322        ./.../HG00322/HG00322.g.vcf
# and so on

答案1

您不需要使用column -t（事实上，这将用空格扩展您的选项卡，以便无论宽度如何，列都能正确对齐）。只需使用printf.并记住用双引号引用你的变量。例如

for file in "$path/"*.g.vcf; do
  sample_name=$(echo "$file" | grep -P 'HG(\d+)(?=.g)' -o)
  printf "%s\t%s\n" "$sample_name" "$file" >> "$output_file"
done

顺便说一句，不需要touch文件来创建它。 >>如果文件不存在，重定向将创建一个文件。

另外，您可以使用线<<<来代替。例如echogrep

  sample_name=$(grep -oP 'HG(\d+)(?=.g)' <<< "$file")

这会将变量的内容（值）重定向$file到 grep 命令中。无论哪种方式，实际上都没有任何显着的好处（除非变量包含改变echo行为的值，例如-n, -e, -E, 或一些反斜杠转义字符，例如\n, \t, \0nnn,\xHH等 - 请参阅help echobash。顺便说一句，这是为什么这些天printf推荐echo），但你可能会发现它更容易阅读。

答案2

看起来你想做的是这样的

for pathname in "$dirpath"/*.g.vcf; do
    printf '%s\t%s\n' "$(basename "$pathname" .g.vcf)" "$pathname"
done >"$output_file"

这将循环匹配您的通配模式的路径名。对于每个路径名，使用basename（也可以删除已知的文件名后缀）提取路径名的文件名部分.g.vcf，并将其与完整路径名一起打印。

循环的输出被重定向到输出文件，如果该文件尚不存在，shell 将创建该文件；如果存在，则将截断（清空）该文件。

我更改了您使用的变量的名称path，因为该名称与 shell 中同名的特殊（数组）变量发生冲突zsh。我还在所有扩展周围添加了双引号，以确保我们可以处理所有可能的文件名。如果扩展未加引号，则文件名包含空格或通配字符会出现问题。

也可以看看：

在不使用该basename实用程序的情况下，使用参数替换来修剪路径名中不需要的部分。此代码不使用任何外部实用程序：

for pathname in "$dirpath"/*.g.vcf; do
    name=${pathname##*/}
    printf '%s\t%s\n' "${name%.g.vcf}" "$pathname"
done >"$output_file"

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