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重命名文件名

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重命名文件名

当前目录下存在以下文件

 GCF_000901975.1_ViralProj181986_genomic.fna.gz  
 GCF_001885505.1_ViralProj344311_genomic.fna.gz
 GCF_000901995.1_ViralProj181990_genomic.fna.gz  
 GCF_001041015.1_ViralProj287961_genomic.fna.gz

我想像这样重命名当前文件

 GCF_000901975.1
 GCF_001885505.1
 GCF_000901995.1
 GCF_001041015.1

我正在使用下面的脚本来获取它，但失败了

 for file in `ls | grep .gz`
 do
    newfile=`echo $file | awk -F "_" '{print $1,"_",$2,".gz"| sed 's/ //g"`
    mv $file $newfile
 done

有人可以给我一些建议吗？或者也许我应该尝试“拆分”，欣赏它

答案1

首先，避免解析输出ls。接下来，即使您有充分的理由来解析ls输出（这里没有），也没有理由传递它grep：ls *gz将仅列出以 结尾的文件和目录名称gz（但请注意，它还会列出内容名称以 结尾的目录，gz除非您使用ls -d) 和，不像ls | grep .gz不会匹配像 , 之类的文件not.a.gz.file，并且会匹配名称中带有换行符的文件。

无论如何，您ls在这里根本不需要或不想要，您想要的只是for file in *gz这是一种更好的方法，因为它可以处理任意文件名（只要你正确引用你的变量）。

因此，您的循环可以更好地写为：

for file in *.gz; do
    newfile=$(echo "$file" | awk -F "_" '{print $1"_"$2".gz"}' | sed 's/ //g')
    mv -- "$file" "$newfile"
 done

awk请注意我如何修复您的 awk 和 sed 命令，因为您在打开该部件之前没有关闭该部件sed以及如何引用所有变量。另请注意我如何删除,awk 语句中的，因为它们会在每个打印项目之间print添加空格（或您设置变量的任何内容）。OFS这-- 用于指示命令行选项的结束并确保该命令适用于以-.

接下来，你真的不需要awk或sed根本不需要。您可以使用外壳：

for f in *gz; do 
    echo mv -- "$f" "${f%%_V*}"
done

语法${variable%%pattern}( "${f%%_V*}") means "return the value of $variable after removing the longest string matching $pattern from the end". So, in this case, it means "remove everything from the first_ which comes before aV`。您可以阅读更多相关信息这里：

${参数%%字}

该单词被扩展以产生模式并根据下面描述的规则进行匹配（请参阅模式匹配）。如果模式与参数扩展值的尾部部分匹配，则扩展的结果是具有最短匹配模式（“%”情况）或最长匹配模式（“%%”情况）的参数值已删除。如果参数是“@”或“'，模式移除操作依次应用于每个位置参数，扩展是结果列表。如果参数是一个数组变量，下标为“@”或“'，模式删除操作依次应用于数组的每个成员，扩展是结果列表。

一旦您对它按预期工作感到满意，请删除echo并再次运行它以实际重命名文件。

最后，如果您有 perl-rename （rename在基于 Debian 的 Linux 发行版上调用），您还可以执行以下操作：

$ rename -n -- 's/_V.*//s' *gz
GCF_000901975.1_ViralProj181986_genomic.fna.gz -> GCF_000901975.1
GCF_000901995.1_ViralProj181990_genomic.fna.gz -> GCF_000901995.1
GCF_001041015.1_ViralProj287961_genomic.fna.gz -> GCF_001041015.1
GCF_001885505.1_ViralProj344311_genomic.fna.gz -> GCF_001885505.1

如果看起来没问题，请删除-n来实际重命名文件。

答案2

for i in $(ls GCF*.gz); do var=$(echo $i | awk -F "_" '{print $1"_"$2}'); echo $var; mv $i $var; done

awk方法

ls -ltr | awk '/GCF.*gz/{print "mv "$NF" "substr($NF,1,15)}'|sh

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