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sed 使用 -i 标志就地修改

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sed 使用 -i 标志就地修改

我是新手GNU sed（在 macOS 上运行），希望缩短一些文件头（~50 K 头，78.3 Mb）。

我正在尝试通过指定带有标志的备份扩展名来修改 FASTA 文件-i。

到目前为止我已经

sed -i.bak 's/^([^|]+).[^|]+(.*)/\1\2/' file.fas

这应该创建一个名为file.fas.bak.

但是，我收到错误

sed: 1: "s/^([^|]+).[^|]+(.*)/\1\2/": \1 not defined in the RE

注释sed -re 's/^([^|]+).[^|]+(.*)/\1\2/' file.fas正确打印到屏幕上。

关于在这种情况下如何打印到备份文件有什么想法吗？

答案1

您还必须指定该-r选项，以便启用扩展正则表达式语法的解释（但请注意比和-E更便携-r很快就会取代它），所以你应该使用

sed -E -i.bak 's/^([^|]+).[^|]+(.*)/\1\2/' file.fas

或者，诉诸基本的正则表达式：

sed -i.bak 's/^\([^|]\{1,\}\).[^|]\{1,\}\(.*\)/\1\2/' file.fas

更新

在回复 @terdon 的问题时，您确认这些文件是 FASTA 文件。在这种情况下，您可以通过仅考虑标题行（以 开头的行>）来提高效率，如 @terdon 所建议：

sed -E -i.bak 's/^(>[^|]+).[^|]+(.*)/\1\2/' file.fas

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