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当脚本需要未压缩时如何使用压缩存档

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当脚本需要未压缩时如何使用压缩存档

我目前正在开发一个调用脚本的程序，该程序将 NCBI Blast 数据库从 BLASTDB 格式转换为 FASTA 格式。该脚本通常期望在未压缩的 BLASTDB 数据库的目录中运行，并使用 -db 选项来明确应转换哪个数据库（由多个具有相同名称但结尾不同的文件组成）。

因为我在服务器上的存储空间非常有限，所以我只想将数据库保存在压缩存档中，所以我的问题是：有没有办法在该存档中使用该脚本或者是否可能（也许通过 bash 重定向？）直接将未压缩的存档流式传输到该脚本中？

提前致谢 ：）

答案1

您可以使用以下命令挂载您的存档保险丝档案：

mkdir /mnt/some-directory
fuse-archive your-archive.tar.gz /mnt/some-directory

但是您可以将存档内容重新打包到 SquashFS 文件中，并且可能会获得更好的性能，因为与 tar 不同，SquashFS 是一个专为随机访问而设计的压缩文件系统。使用tar2sqfs工具重新包装：

zcat your-archive.tar.gz | tar2sqfs -c xz -b 1048576 mountable-archive.squashfs

然后，以 root 身份：

mount -t squashfs mountable-archive.squashfs /mnt/some-directory

或作为普通用户，使用挤压保险丝：

squashfuse mountable-archive.squashfs /mnt/some-directory

以 root 身份安装的 SquashFS 将提供所有三种方法的最佳性能。

在安装的目录中，/mnt/some-directory您将找到存档的内容，并且可以运行任何脚本。但请注意，无论如何这都会是只读目录。如果您需要写入此目录（例如，创建或更新文件），则需要使用overlayfs（或任何其他覆盖安装程序，例如aufs）添加另一个安装：

mkdir /mnt/upper
mkdir /mnt/work
mkdir /mnt/readwrite-directory

mount -t overlay -o upperdir=/mnt/upperdir,lowerdir=/mnt/some-directory,workdir=/mnt/work mountable-archive-rw /mnt/readwrite-directory

然后在这个范围内工作/mnt/readwrite-directory。它填充了存档中的所有对象，但它是读写的；任何新文件或更新都将写入/mnt/upper，而/mnt/some-directory是上一步中的只读squashfs 或fuse-archive 安装点。

答案2

不。相关文件明确指出：

下载的压缩文件必须使用gzip或其他解压工具进行充气。然后可以使用 Unix/Linux 上的 tar 实用程序或 Windows 和 Macintosh 平台上的 WinZip 和 StuffIt Expander 从生成的 tar 文件中提取 BLAST 数据库文件。

如果这实际上是一个脚本，您可以使用以下方法绕过它流程替代如果你的 shell 支持它：

command <(zcat file.gz)

这将允许像未压缩一样command进行处理。file.gz不幸的是，它不是您的脚本使用数据库，而是blast可执行文件，并且期望它被解压缩，因为您没有将数据库文件作为参数传递，所以您无法绕过它。

也就是说，尼基塔·基普里亚诺夫的建议sqshfs 的意义非常重大！

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