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如何在bash中将文件名一部分的数字存储为变量

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如何在bash中将文件名一部分的数字存储为变量

我试图将文件名一部分的数字存储为变量，以便我可以通过循环一次更改和重命名一堆文件。文件名是trimmed-barcode*.1.fastq.gz，其中*是一个可变的两位或三位数字，我想将其保存为num。这将允许我将 $num 乘以我之前定义的 $number 变量，并用相乘的数字重命名每个文件（但现在我只是用 echo 测试它）。如何存储文件名中的两位或三位数？

for infile in trimmed-barcode*.1.fastq.gz
  do num= #how do I get this number
  num2=$(($num * $number))
  echo "trimmed-barcode${num2}.1.fastq.gz"
  done

答案1

如果您使用bash脚本，您可以从字符串中提取两个数字。例如

var="abcdefg"
echo "${var:3:2}"    # Outputs "de"

有了这个，我们就可以像这样调整你的脚本

#!/bin/bash
for infile in trimmed-barcode??.1.fastq.gz
do
    num="${infile:15:2}"    # Two characters starting at position 15
    result=$(( ${num#0} * number ))
    echo "trimmed-barcode$result.1.fastq.gz"
done

在相乘时$num，$number我们必须从值中去除任何前导零，这样bash就不会尝试将其视为八进制。就是这样${num#0}。

您已将问题修改为询问两个或三个数字。这显着改变了实现。

  1. 您可以重复循环，但这次匹配三个数字：

    for infile in trimmed-barcode??.1.fastq.gz
do
    # Code as above for two digit extracts
done

for infile in trimmed-barcode???.1.fastq.gz
do
    # Modify code as above to process three digit values
done

  2. 您可以更改代码以删除不变的部分，假设剩下的内容一定是感兴趣的值：

    for infile in trimmed-barcode*.1.fastq.gz
do
    num=${infile#trimmed-barcode}    # Strip leading text
    num=${num%.1.fastq.gz}           # Strip trailing text
    result=$(( ${num#0} * number ))
    echo "trimmed-barcode$result.1.fastq.gz"
done

答案2

for file in trimmed-barcode*.1.fastq.gz; do
    x=${file#trimmed-barcode}
    num=${x%.1.fastq.gz}
    echo "$file: $num"
done

或者在 Bash 中，您可以使用正则表达式匹配来选择文件名的所需部分：

for file in trimmed-barcode??.1.fastq.gz; do
    [[ $file =~ trimmed-barcode(.*)\.1\.fastq\.gz ]]
    num=${BASH_REMATCH[1]};
    echo "$file: $num"
done

或者，如果您想修剪它，只需选择第一个点之前的两个字符[[ $file =~ (..)\. ]]。

答案3

要将文件名中的两位数字存储为循环中的变量，可以在 bash 中使用文件名扩展和字符串操作。这是一个例子：

for infile in trimmed-barcode*.1.fastq.gz
do
  num="${infile:14:2}"
  num2=$((num * number))
  echo "trimmed-barcode${num2}.1.fastq.gz"
done

在此代码中，我们使用 ${infile:14:2} 字符串扩展从文件名中提取从索引 14 开始的两位数。然后将该数字 (num) 乘以 $number 变量并将结果存储在编号2。最后，我们用修改后的数字回显生成的文件名。

请记住根据文件名中数字的实际位置调整索引（在本例中为 14）。

答案4

以下使用 perlrename实用程序：

注意：perlrename也称为file-rename、perl-rename、 或prename，具体取决于您的发行版。不要将其与具有完全不同且不兼容的功能和命令行选项的rename实用程序混淆。 util-linuxPerl 重命名允许您使用任意复杂的 Perl 代码来重命名文件，但最常用于对文件名执行简单的类似 sed 的 s/search/replace/ 操作。

首先创建一些文件名进行测试：

for i in 11 234 56 789 ; do touch "trimmed-barcode$i.1.fastq.gz" ; done

然后重命名它们：

export number=2
rename -n 's/^(trimmed-barcode)(\d{2,3})(\.1\.fastq\.gz)$/$1 . $2 * $ENV{number} . $3/e' trimmed*

示例输出：

rename(trimmed-barcode11.1.fastq.gz, trimmed-barcode22.1.fastq.gz)
rename(trimmed-barcode234.1.fastq.gz, trimmed-barcode468.1.fastq.gz)
rename(trimmed-barcode56.1.fastq.gz, trimmed-barcode112.1.fastq.gz)
rename(trimmed-barcode789.1.fastq.gz, trimmed-barcode1578.1.fastq.gz)

该-n选项使其成为一次试运行，因此它仅显示它的内容会做。要实际重命名文件，请删除-n或将其替换-v为详细输出。

该$number变量必须导出到环境中，以便rename脚本可以通过哈希访问它%ENV。或者，您可以在同一命令行上分配变量（例如number=2 rename -n '...' trimmed*（具有为该命令临时导出变量的效果）或将其硬编码到脚本中。

要使其适用于 之前的任意数量的数字（即一位或多位），.1.fastq.gz请将 更改\d{2,3}为\d+。

要使其适用于数字之前的任何文件名前缀（不仅仅是“修剪条形码”）以及第一个之后的任何扩展名.，请将其更改为：

rename -n 's/(.*?)(\d{2,3})(\..*)/$1 . $2 * $ENV{number} . $3/e' trimmed*

该脚本利用 Perl 的功能，使用/e正则表达式修饰符在替换运算符的右侧（替换）部分执行 Perl 代码s///。在本例中，.是 perl 的字符串连接运算符，因此代码将第一个捕获组 ( $1) 与第二个捕获组 ( $2) 乘以$number环境变量以及第三个捕获组 ( $3) 连接起来。

顺便说一句，perlrename不会覆盖现有文件，除非您使用-f/--force选项强制它。

与替换运算符左侧（搜索）部分的正则表达式不匹配的文件名将不会以任何方式重命名或修改。

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