在撰写我的博士论文时，我使用该fixme软件包向我的文档添加注释和评论pdflatex，并且我定义了几种类型的注释，以便轻松看到“实质性”变化（例如“文本可能有误”或“缺少一些信息”）和“表面”变化（例如“此表的对齐不完美”...）之间的区别。
我的文档中现在有大量的注释，我非常绝望，因为似乎不可能对要做的更改有一个概览并对它们进行排序，以确保首先做最重要的事情，并进行一些时间管理和规划，不要只为了创建一个漂亮的图表而浪费太多时间。
有没有人有好的解决方案或工作流程
- 高效编辑论文或书籍等大型文档
- 并跟踪笔记、想法和要做的事情？
一些想法：
如果可以在源代码（或 pdf）中创建一种“锚点”，这样我就可以直接通过待办事项注释中的超链接跳转到那里，那就太好了。
我认为我需要一个外部解决方案，允许我对这些笔记进行排序、重新排列和标记，以便确定优先级和概览——也许使用思维导图或可以过滤、排序和重新排列的表格。
另一方面，我想将它们留在乳胶文档中，这样在查看某一页时，我就可以看到相应的笔记。但在 LaTeX 编辑器中输入它们，然后在外部应用程序中重新输入它们，这没有多大意义，但这一切对我来说听起来非常复杂。:-(
答案1
我结合使用了fixme和todonotes来实现我的论文这种效果，其中第一页包含需要注意的地方的超链接。你可以查看我的论文来源这里。
Fixme 软件包具有广泛的功能，可用于对更正列表进行优先排序和格式化，但我个人认为这对于像论文这样的单人项目来说太过分了。我只使用了一种 Fixme 注释。在我看来，你只是想要一种方法来跟踪你需要返回的内容，并让草稿的读者知道哪些部分需要特别注意：当你考虑这是一个“警告”还是“注释”或“致命错误”，以及它是否“固定”，以及软件包提供的所有其他选项时，你可能已经解决了这个问题。所以，我的建议是不要试图把事情搞得太复杂。在尝试撰写论文时，已经有足够的拖延可能性，所以不要给自己更多拖延的时间。
编辑：关于从待办事项注释链接回 latex 源的问题，请查看 SyncTeX，如以下问题的答案中所述这个问题。在评论中，您提到您使用 Skim，我相信可以将其配置为使用 SyncTeX。
答案2
我自己使用的一个更高级的解决方案是使用 PDF 注释pdfcomment软件包。它的优点是 PDF 阅读器本身支持它。使用 Acrobat，至少您可以编辑、回复、删除、勾选、导入/导出、搜索和排序评论。
答案3
我不熟悉这个fixme包，但我认为todonotes包可能就是您要找的东西。使用文档中描述的颜色选项，您可以为不同类型的笔记定义不同的颜色。\todototoc为您提供了待办事项列表，您甚至可以在其中显示颜色，以便快速概览并快速找到主要缺陷。使用hyperref，列表中的项目甚至可以点击，这样您就可以优雅地找到文本中的要点。
编辑：该todonotes手册fixme直接引用 1.8.5，您会发现这特别有趣。
答案4
跳出固有的思维模式思考一下，将这种事情保留在专为跟踪项目而设计的系统中是否有意义？
就我个人而言，我使用化石用于对我的所有软件和写作项目进行版本控制。我喜欢对我的文本进行修订控制，而 TeX 和 LaTeX 非常适合进行修订控制。（不同于 Word 文档，它们是脆弱的二进制文件。）我还尝试在与另一台机器上的克隆保持同步的存储库中工作。这为我的作品提供了备份，没有麻烦或头痛。
我把这种技术用在了所有事情上，从项目文档（用 Markdown 和 LaTeX 混合编写，然后使用潘多克以及由我的项目构建系统管理的 pdflatex）到一个用于按需印刷服务的个人书籍长度项目。
我之所以考虑使用 Fossil 来解决您的特定问题，是因为它包含一个集成的故障单机制。故障单可以报告、包含在时间线视图中，并可供特定签入引用。
在边注、脚注或评论中使用票证 ID 来引用存储库中的完整解释会很容易。
在我的几个项目中，我都在脚注中包含了文档修订的标识符，以便我能够始终将纸质副本与存储库关联起来。
集成的一个很酷的点是，它会生成一个脚本，提取所有引用的票证（和签到评论）并生成一个附录……