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如何从命令行构建 Knitr 文档

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如何从命令行构建 Knitr 文档

我想从命令行编译 knitr 文档。使用 Sweave，序列

R CMD Sweave my_sweave_file.Rnw
latex my_sweave_file.tex
latex my_sweave_file.tex
dvips my_sweave_file.dvi
ps2pdf my_sweave_file.ps

构建我想要发布的最终 pdf 文件。knitr 的相应构建顺序是什么？

谢谢！

答案1

使用命令行Sweave：

实际上，对于这样的简单文档，只需要两个步骤my_sweave_file.Rnw：

\documentclass{article}
\begin{document}
Some text
<<RTest>>=
2+2
@
\end{document}

从命令行就足够了：

R CMD Sweave my_sweave_file.Rnw
pdflatex my_sweave_file.tex

甚至只有一个：

R CMD Sweave --pdf my_sweave_file.Rnw

如果您有交叉引用（\ref或\cite命令、目录、索引、词汇表等），这将不够，因此您还必须使用 .tex适当的工具编译生成的文件并pdlatex根据需要重新运行。请参阅自动文档编译工具如果您在编译序列中遇到一些问题。

使用命令行knitr：

可以使用以下方法编译一份简单文档：

Rscript -e "library(knitr); knit('my_sweave_file.Rnw')"
pdflatex my_sweave_file.tex

显然，在复杂的Latex文档中，您需要添加一些如上所述的编译步骤。

无需命令行

为了完整起见，编译 LateX+R 文档的一种简单方法是直接使用 LyX 而不是 LaTeX，加载Sweave或 Rnw(knitr)模块，在两种情况下自动将“R Noweb”（.Rnw）导出为 LaTeX，以及 LaTeX 文件的所有编译步骤。

另一种可能性是使用 Rstudio 编辑 .Rnw 文件，只需按下带有“编译 PDF”标签的 PDF 图标即可。值得一提的是，您还可以在此处使用 Rmarkdown 文件（.Rmd 扩展名），它提供了 markdown 的简化文本语法，但也可以转换为 LaTeX PDF。在这种情况下，编译图标的更改是通过下拉菜单“Knit”完成的，您可以在其中选择“Knit to PDF”，含义显而易见。

警告：没有 R 块选项的 MWE 选项可以使用和函数同样地进行编译 Sweave，knit但每个函数都有特定的块选项：某些选项不能与一起使用，knitr并且许多knitr选项不能与较旧的一起使用Sweave，因此实际上最好使用knitr。

答案2

knitr 包有一个实用程序knit2pdf。假设您已安装 R，则 R 命令将是

# within R
knitr::knit2pdf('my_file.Rnw')

在 shell 中，这将是

$
Rscript -e "knitr::knit2pdf('my_file.Rnw')"

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