在 texshade 中禁用自动差异编码

Question

该软件包texshade提供了排版核苷酸和氨基酸比对的环境。这个软件包非常棒，但它有一个默认设置，我想关闭它：

默认情况下，texshade似乎执行自动差异编码（缺乏更好的词），将所有行与第一行进行比较，并对差异区域进行如下编码：相同的核苷酸被点替换，不同的核苷酸从大写字母转换为小写字母。

特克斯代码：

\documentclass[border=5mm]{standalone}
\usepackage[tightpage]{preview}
\usepackage[latin1]{inputenc}
\usepackage{texshade}
\begin{document}
\begin{preview}
    \begin{texshade}{test1.fas}
        \setends{1}{1..12}
        \tintblock{1}{1..3}
        \tintdefault{normal}
        \feature{ttop}{1}{4..12}{translate[Red]}{}
        \ttopspace{5pt}
        \showruler{1}{top}
        \shadingmode{diverse}
        \allmatchresidues{Black}{White}{upper}{up}
        \bottomspace{10pt}
        \feature{bottom}{1}{1..3}{--|[0.75pt]}{R1}
        \feature{bottom}{1}{4..12}{--|[0.75pt]}{R2}
        \hideconsensus
    \end{texshade}
\end{preview}
\end{document}

对齐文件test1.fas：

>Taxon_1
TAAATGGATATA
>Taxon_2
TAAATG----TA
>Taxon_3
TAAATG---CGC

当上述 TEX 代码在文件上运行时test1.fas，默认的差异编码将分类单元_2到点和最后三个核苷酸分类单元_3从大写字母到小写字母。

差异编码是核苷酸和氨基酸比对可视化中的常见程序，但我想在当前项目中将其关闭。您建议如何实现这一点？

Answer 1

根据用户的评论奥斯杰里克texshade，我确实可以使用以下命令选项禁用差异编码：

\shadingmode{diverse}
\allmatchresidues{Black}{White}{upper}{up}
\conservedresidues{Black}{White}{upper}{up}
\nomatchresidues{Black}{White}{upper}{up}

生成的图形仅将核苷酸显示为大写字母。