注意：这都是因为我想使用 tlmgr 来安装subfiles.sty。可能有更简单的方法来解决这个问题，但我还是试着开始tlmgr工作吧。
我似乎得到了同样的错误这个问题，问题最终是由于 texlive 和 tlmgr 版本不匹配。
问题：
当我运行时tlmgr update --all，我得到以下输出：
（在 Debian 上运行，切换到用户模式！）未知指令 ...containerchecksum c59200574a316416a23695c258edf3a32531fbda43ccdc09360ee105c3f07f9fb77df17c4ba4c2ea4f3a5ea6667e064b51e3d8c2fe6c984ba3e71b4e32716955...，请修复它！位于 /usr/share/texlive/tlpkg/TeXLive/TLPOBJ.pm 第 210 行，第 5579 行。
安装日志是这里。似乎没有任何错误，但有相当多的警告。大多数警告似乎都是以下形式：
警告：已定义（请先\放松）
我的安装来自install-tl（我认为这是上游？）。
我尝试下载并运行update-tlmgr-latest.sh，因为我读到这可能很有帮助。这给出了输出：
正在验证档案完整性...一切正常。正在解压缩 TeX Live Manager Updater...................................................................................................................................................... ./runme.sh：无法使用 kpsewhich --var-value=SELFAUTOPARENT 找到 TeX Live 根目录。./runme.sh：请根据需要设置您的 PATH，否则将无济于事。
这很令人困惑，因为kpsewhich --var-value=SELFAUTOPARENT
它本身运行时会输出/usr/local/texlive/2016，所以看起来 PATH 已设置。
它本身似乎texlive运行良好 - 我可以编译文档，并且运行时latex small2e似乎输出了合理的文件。重申一下，这是一个新的 texlive 2016 安装。我最初是从 synaptic 安装的，但当我意识到它可能已经过时时，我删除了它，并通过 进行安装install-tl。
更新由于（出于不相关的原因）我前一天重新安装了我的操作系统，所以我决定重新安装我的操作系统来解决这个问题。